PDB-1xe1: Hypothetical Protein From Pyrococcus Furiosus Pfu-880080-001

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xe1

タイトル

Hypothetical Protein From Pyrococcus Furiosus Pfu-880080-001

要素

hypothetical protein PF0907

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein structure initiative / SECSG / Pyrococcus furiosus / Conserved hypothetical protein / hyperthermophile / PSI / Southeast Collaboratory for Structural Genomics

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP019072 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta / Elongation factor Tu-type domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chang, J.C. / Zhao, M. / Zhou, W. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Arendall III, W.B. / Chen, L. / Lee, D. / Habel, J.E. / Rose, J.P. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Hypothetical Protein From Pyrococcus Furiosus Pfu-880080-001
著者: Chang, J.C. / Zhao, M. / Zhou, W. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Arendall III, W.B. / Chen, L. / Lee, D. / Habel, J.E. / Rose, J.P. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.C. / Southeast ...

履歴

登録	2004年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb1xe1.ent.gz	20 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xe1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rn4-d 1eh2-d 1i0x-4 1oqq-1 2hoh-1 4icu-2 2aae-d 4hoh-4 1q9e-2 2b3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-880080-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein PF0907

ヘテロ分子

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: hypothetical protein PF0907

ヘテロ分子

A: hypothetical protein PF0907

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: hypothetical protein PF0907

ヘテロ分子

A: hypothetical protein PF0907

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.625, 88.625, 73.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	hypothetical protein PF0907 分子量: 12797.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2D2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: modified microbatch / pH: 6.5 詳細: 1.6M magnesium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, modified microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月20日

放射

プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11239 / % possible obs: 93.7 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.049

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	0.443	665	1.232	1	57.4
2.07-2.15	0.478	970	1.423	1	82.6
2.15-2.25	0.323	1118	1.151	1	96.1
2.25-2.37	0.254	1168	0.865	1	99.7
2.37-2.52	0.218	1181	0.805	1	100
2.52-2.71	0.16	1185	0.801	1	100
2.71-2.99	0.097	1189	0.881	1	100
2.99-3.42	0.068	1212	1.216	1	100
3.42-4.31	0.065	1224	1.322	1	100
4.31-50	0.046	1327	1.2	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.4 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.35 / 反射: 2567

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.92-20	0.21	162
7.35-10.92	0.31	235
5.88-7.35	0.36	280
5.04-5.88	0.35	315
4.48-5.04	0.37	348
4.07-4.48	0.38	387
3.76-4.07	0.36	407
3.51-3.76	0.36	433

Phasing dm

FOM : 0.49 / FOM acentric: 0.48 / FOM centric: 0.52 / 反射: 6675 / Reflection acentric: 5367 / Reflection centric: 1308

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.9-19.306	0.93	0.93	0.78	335	181	154
4.3-6.9	0.85	0.9	0.71	982	706	276
3.4-4.3	0.81	0.84	0.67	1180	925	255
3-3.4	0.55	0.56	0.52	1167	965	202
2.6-3	0.23	0.23	0.24	1930	1643	287
2.4-2.6	0.08	0.08	0.09	1081	947	134

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→76.696 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.247 / WR_factor R_work: 0.221 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	525	4.682 %
R_work	0.2213	-	-
obs	0.22219	11213	93.582 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.428 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.078 Å²	0.039 Å²	0 Å²
2-	-	0.078 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→76.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	652	0	5	28	685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	2.001	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.124	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.922	25.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.68	15	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.522	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.5	2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.022	3	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.356	2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.394	3	181

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.051	0.5	19	0.333	425	859	51.688
2.051-2.107	0.302	28	0.318	599	844	74.289
2.107-2.168	0.261	33	0.271	692	818	88.631
2.168-2.235	0.277	40	0.247	726	797	96.11
2.235-2.308	0.262	32	0.241	729	766	99.347
2.308-2.389	0.23	36	0.248	716	752	100
2.389-2.479	0.224	35	0.245	690	725	100
2.479-2.58	0.267	41	0.229	653	694	100
2.58-2.695	0.294	31	0.257	650	681	100
2.695-2.826	0.33	40	0.248	610	650	100
2.826-2.979	0.171	20	0.252	594	614	100
2.979-3.159	0.254	29	0.225	553	582	100
3.159-3.377	0.331	33	0.222	525	558	100
3.377-3.647	0.254	26	0.198	491	517	100
3.647-3.994	0.211	22	0.19	462	484	100
3.994-4.464	0.195	18	0.166	429	447	100
4.464-5.151	0.202	15	0.167	379	394	100
5.151-6.302	0.117	7	0.228	339	346	100
6.302-8.882	0.161	12	0.232	266	278	100
8.882-76.696	0.191	8	0.287	160	176	95.455

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