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万見
- PDB-1q9e: RNase T1 variant with adenine specificity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9e
タイトルRNase T1 variant with adenine specificity
要素Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease / Adenine specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Czaja, R. / Struhalla, M. / Hoeschler, K. / Saenger, W. / Straeter, N. / Hahn, U.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: RNase T1 Variant RV Cleaves Single-Stranded RNA after Purines Due to Specific Recognition by the Asn46 Side Chain Amide.
著者: Czaja, R. / Struhalla, M. / Saenger, W. / Hahn, U.
履歴
登録2003年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
B: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
C: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6345
ポリマ－33,3893
非ポリマー2442
水4,936274
1
A: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2522
ポリマ－11,1301
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1301
ポリマ－11,1301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2522
ポリマ－11,1301
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 56.500, 158.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor / RNase T1


分子量: 11129.745 Da / 分子数: 3 / 変異: K41E, Y42F, N43R, Y45W, E46N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: RNTA / プラスミド: pA2T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 279 K / pH: 9
詳細: PEG4000, magnesium chloride, Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K, pH 9.00
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mMRNase T1 RV1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.5
3100 mMTris-HCl1reservoirpH9.0
4200 mM1reservoirMgCl2
520-22 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 28456 / % possible obs: 90.6 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→20 Å / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 31400 / Num. measured all: 70573 / Rmerge(I) obs: 0.037

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CH0

1ch0


解像度: 1.7→18.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 953216.46 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1179 4.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 28456 90.5 %-
all-31400 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 50.16 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.22 Å23.78 Å20 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----6.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 16 274 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 19 0.4 %
Rwork0.283 4479 -
obs--86.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TMN_XPLOR_PAR.TXTTMN_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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