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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q9e | ||||||
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タイトル | RNase T1 variant with adenine specificity | ||||||
要素 | Guanyl-specific ribonuclease T1 precursor | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / Adenine specificity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Czaja, R. / Struhalla, M. / Hoeschler, K. / Saenger, W. / Straeter, N. / Hahn, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: RNase T1 Variant RV Cleaves Single-Stranded RNA after Purines Due to Specific Recognition by the Asn46 Side Chain Amide. 著者: Czaja, R. / Struhalla, M. / Saenger, W. / Hahn, U. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallography & NMR System 著者: Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Clore, G.M. / DeLano, W.L. / Gros, P. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Jiang, J.S. / Kuszewski, J. / Nilges, M. / Pannu, N.S. / Read, R.J. / Rice, L.M. / Simonson, T. / Warren, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q9e.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q9e.ent.gz | 58.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/1q9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/1q9e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ch0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11129.745 Da / 分子数: 3 / 変異: K41E, Y42F, N43R, Y45W, E46N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: RNTA / プラスミド: pA2T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 279 K / pH: 9 詳細: PEG4000, magnesium chloride, Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K, pH 9.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 28456 / % possible obs: 90.6 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→20 Å / % possible all: 95.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 31400 / Num. measured all: 70573 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CH0 解像度: 1.7→18.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 953216.46 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 50.16 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.52 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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