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- PDB-4pb0: Structure of the Fab fragment of the anti-Francisella tularensis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pb0
タイトルStructure of the Fab fragment of the anti-Francisella tularensis GroEL antibody Ab53
要素
  • Ab53 heavy chain
  • Ab53 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: B-Cell Epitopes in GroEL of Francisella tularensis.
著者: Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Madico, G. / Li, S. / Yang, C.Y. / Perkins, H.M. / Sompuram, S.R. / Kodela, V. / Liu, T. / Morris, T. / Wang, D. / Roche, M.I. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_database_status ...entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ab53 heavy chain
L: Ab53 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,00311
ポリマ－47,4762
非ポリマー5279
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.817, 151.817, 102.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-309-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Ab53 heavy chain


分子量: 23771.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: spleen / Plasmid details: hybridoma / 株: BALB/cJ / 参照: UniProt: Q6PIP8*PLUS
#2: 抗体 Ab53 light chain


分子量: 23704.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: spleen / Plasmid details: hybridoma / 株: BALB/cJ

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非ポリマー , 4種, 195分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ab53 (30 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.5, 0.15 M NaCl, and 0.02% NaN3) was mixed with the Index Screen HT reagent A4 (2 M ammonium sulfate, 0.1 M bistris, pH 6.5) in sitting drops at 17C.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 23646 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.4 / Net I/av σ(I): 21.821 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 155055
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.595.90.37123161.3796.1
2.59-2.695.90.33122911.45395.4
2.69-2.816.10.25622801.45594.4
2.81-2.966.70.19922671.34393.8
2.96-3.146.60.1523131.32895.7
3.14-3.396.60.10323901.41198.2
3.39-3.7270.07124191.26598.6
3.72-4.256.90.05824211.3398.2
4.25-5.3170.04824411.50997.5
5.31-156.80.04525081.53895

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→14.922 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 2367 10.01 %
Rwork0.2097 21277 -
obs0.2139 23644 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.8 Å2 / Biso mean: 43.031 Å2 / Biso min: 3.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→14.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 24 186 3511
Biso mean--54.41 28.95 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6194630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2661213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.55020.35241320.28391215134796
2.5502-2.60540.27541370.26071233137096
2.6054-2.66560.32841380.24541216135496
2.6656-2.73190.26831350.25411196133195
2.7319-2.80530.29421340.26011202133694
2.8053-2.88730.32971300.24451204133494
2.8873-2.97980.30081370.24931213135094
2.9798-3.08540.27951350.26511209134495
3.0854-3.20770.25681400.24021271141197
3.2077-3.35220.25661390.22321252139198
3.3522-3.52670.25481440.20931283142799
3.5267-3.74440.2471420.20091276141899
3.7444-4.02820.26021420.1971282142498
4.0282-4.4240.21561450.16611282142798
4.424-5.04240.16721440.14671296144098
5.0424-6.27330.22831460.18551312145897
6.2733-14.92190.23141470.1881335148294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1356-1.0968-0.60242.76220.22960.7922-0.04110.2807-0.0935-0.0943-0.0546-0.17430.03970.05820.10220.13690.00360.00040.17640.01050.1177-6.674763.7281110.289
22.24950.2917-1.16391.3268-0.2020.6603-0.82581.4548-0.6616-0.53960.4302-0.04250.5908-0.56960.26350.4788-0.30750.17420.9029-0.22630.4595-13.421931.6057105.6849
32.21930.409-0.99032.5994-1.01952.1006-0.0328-0.0004-0.1746-0.0376-0.07420.02330.0714-0.0530.09820.1190.00540.00840.18570.03350.1062-20.532759.8004127.5661
42.58330.4027-1.09952.05960.26062.1536-0.588-0.0814-1.6215-0.0146-0.0991-0.78070.47790.35890.48080.38370.04410.35440.422-0.02081.0409-12.686524.1575120.1499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:114H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 115:212H115 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1:107L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 108:211L108 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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