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- PDB-4ov5: Structure of HLA-DR1 with a bound peptide with non-optimal alanin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ov5
タイトルStructure of HLA-DR1 with a bound peptide with non-optimal alanine in the P1 pocket
要素
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / autolysosome membrane / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / autolysosome membrane / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / intermediate filament / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T-helper 1 type immune response / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / CD8 receptor binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / endoplasmic reticulum exit site / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / TAP binding / epidermis development / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / negative regulation of T cell proliferation / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / trans-Golgi network membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class I peptide loading complex / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cognition / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / endocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Golgi membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Trenh, P. / Yin, L. / Stern, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Susceptibility to HLA-DM Protein Is Determined by a Dynamic Conformation of Major Histocompatibility Complex Class II Molecule Bound with Peptide.
著者: Yin, L. / Trenh, P. / Guce, A. / Wieczorek, M. / Lange, S. / Sticht, J. / Jiang, W. / Bylsma, M. / Mellins, E.D. / Freund, C. / Stern, L.J.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
M: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
N: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
P: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
Q: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
L: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
O: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
R: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,19218
ポリマ－269,19218
非ポリマー00
水11,512639
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
3
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
I: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
4
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
L: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
5
M: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
N: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
O: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
6
P: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
Q: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
R: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8653
ポリマ－44,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.955, 173.188, 96.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA-DR1 / MHC class II antigen DRA


分子量: 21155.904 Da / 分子数: 6 / 断片: Secreted extracellular domain (UNP residues 26-207) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質
HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / HLA-DR1 / MHC class II antigen DRB1*1 / DR-1 / DR1


分子量: 22080.664 Da / 分子数: 6 / 断片: Secreted extracellular domain (UNP residues 30-219) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB, HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド
HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / HLA-A2 / MHC class I antigen A*2


分子量: 1628.811 Da / 分子数: 6 / 断片: peptide (UNP residues 128-141) / Mutation: W1A, Q9L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 4% PEG4000, 10% ethylene glycol, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→46 Å / Num. all: 140622 / Num. obs: 140577 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.44 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.09
反射 シェル解像度: 2.199→2.24 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique all: 6124 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AQD

1aqd


解像度: 2.199→41.511 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 7084 5.04 %RANDOM
Rwork0.2052 ---
obs0.2069 140577 93.64 %-
all-140622 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→41.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18427 0 0 639 19066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77325850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7616767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.199-2.22360.32291810.2643855X-RAY DIFFRACTION81
2.2236-2.24970.3232050.25083950X-RAY DIFFRACTION83
2.2497-2.27720.28292180.24523908X-RAY DIFFRACTION83
2.2772-2.3060.29462400.24353956X-RAY DIFFRACTION84
2.306-2.33630.32932200.24974051X-RAY DIFFRACTION85
2.3363-2.36830.32012310.26213999X-RAY DIFFRACTION86
2.3683-2.40220.33332030.27034148X-RAY DIFFRACTION86
2.4022-2.4380.34932000.25994159X-RAY DIFFRACTION88
2.438-2.47610.31582170.25224228X-RAY DIFFRACTION88
2.4761-2.51670.30722190.25464236X-RAY DIFFRACTION90
2.5167-2.56010.27872150.2464347X-RAY DIFFRACTION92
2.5601-2.60670.30512390.25214468X-RAY DIFFRACTION93
2.6067-2.65680.29822530.24784409X-RAY DIFFRACTION94
2.6568-2.7110.32672370.24444522X-RAY DIFFRACTION95
2.711-2.76990.2762510.23664510X-RAY DIFFRACTION96
2.7699-2.83440.28562420.22634664X-RAY DIFFRACTION97
2.8344-2.90520.28662840.22494629X-RAY DIFFRACTION98
2.9052-2.98370.27782490.22844659X-RAY DIFFRACTION99
2.9837-3.07150.2672730.22434652X-RAY DIFFRACTION98
3.0715-3.17060.24882080.22364701X-RAY DIFFRACTION98
3.1706-3.28390.272550.22514711X-RAY DIFFRACTION99
3.2839-3.41530.24612320.21584755X-RAY DIFFRACTION99
3.4153-3.57070.22972690.19994689X-RAY DIFFRACTION99
3.5707-3.75880.2222260.19284742X-RAY DIFFRACTION100
3.7588-3.99410.22932440.19644761X-RAY DIFFRACTION99
3.9941-4.30220.19072510.17114728X-RAY DIFFRACTION99
4.3022-4.73460.18322510.15864753X-RAY DIFFRACTION100
4.7346-5.41850.18492380.16614783X-RAY DIFFRACTION100
5.4185-6.82180.22732780.19634742X-RAY DIFFRACTION99
6.8218-41.51840.18092550.18364778X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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