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- PDB-4oon: Crystal structure of PBP1a in complex with compound 17 ((4Z,8S,11... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oon
タイトルCrystal structure of PBP1a in complex with compound 17 ((4Z,8S,11E,14S)-5-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-14-(5,6-dihydroxy-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-8-formyl-2-methyl-6-oxo-3,10-dioxa-4,7,11-triazatetradeca-4,11-diene-2,12,14-tricarboxylic acid)
要素Penicillin-binding protein 1A
キーワードtransferase/transferase inhibitor / PBP1A / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 ...: / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, OB-like domain / Penicillin-binding protein OB-like domain / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Nucleic acid-binding proteins / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily ...Penicillin-binding protein, OB-like domain / Penicillin-binding protein OB-like domain / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Nucleic acid-binding proteins / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Lysozyme-like domain superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2U4 / Penicillin-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Han, S. / Caspers, N. / Knafels, J.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Siderophore receptor-mediated uptake of lactivicin analogues in gram-negative bacteria.
著者: Starr, J. / Brown, M.F. / Aschenbrenner, L. / Caspers, N. / Che, Y. / Gerstenberger, B.S. / Huband, M. / Knafels, J.D. / Lemmon, M.M. / Li, C. / McCurdy, S.P. / McElroy, E. / Rauckhorst, M.R. ...著者: Starr, J. / Brown, M.F. / Aschenbrenner, L. / Caspers, N. / Che, Y. / Gerstenberger, B.S. / Huband, M. / Knafels, J.D. / Lemmon, M.M. / Li, C. / McCurdy, S.P. / McElroy, E. / Rauckhorst, M.R. / Tomaras, A.P. / Young, J.A. / Zaniewski, R.P. / Shanmugasundaram, V. / Han, S.
履歴
登録2014年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0442
ポリマ－88,3801
非ポリマー6651
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.770, 113.770, 123.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1A / PBP-1a / PBP1a / Penicillin-insensitive transglycosylase / Peptidoglycan TGase / Penicillin- ...PBP-1a / PBP1a / Penicillin-insensitive transglycosylase / Peptidoglycan TGase / Penicillin-sensitive transpeptidase / DD-transpeptidase


分子量: 88379.742 Da / 分子数: 1 / 断片: PBP1A: unp residues 36-822 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: mrcA, ponA, PA5045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q07806, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-2U4 / (4Z,8S,11E,14S)-5-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-14-(5,6-dihydroxy-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-8-formyl-2-methyl-6-oxo-3,10-dioxa-4,7,11-triazatetradeca-4,11-diene-2,12,14-tricarboxylic acid


分子量: 664.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N6O14S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.6, 1.2M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月18日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. all: 175377 / Num. obs: 13985 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 93.05 Å2
反射 シェル解像度: 3.199→3.21 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
autoPROCデータ収集
BUSTER精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→27.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9338 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 693 4.99 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1702 13898 100 %-
all-13985 --
原子変位パラメータBiso mean: 82.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7362 Å20 Å20 Å2
2--10.7362 Å20 Å2
3----21.4724 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.555 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→27.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3911 0 46 2 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014045HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.215481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1396SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes596HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4045HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion518SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4818SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.46 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 162 5.76 %
Rwork0.1902 2649 -
all0.1952 2811 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.8957 Å / Origin y: 25.2953 Å / Origin z: 1.187 Å
111213212223313233
T-0.093 Å2-0.0167 Å20.0989 Å2--0.0521 Å2-0.0155 Å2---0.1247 Å2
L0.7094 °2-0.1666 °20.0006 °2-2.1637 °20.611 °2--0.7179 °2
S-0.0499 Å °0.0005 Å °-0.0583 Å °-0.1534 Å °0.2304 Å °-0.1612 Å °-0.0356 Å °0.0176 Å °-0.1805 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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