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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6axg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of RasGRP4 in complex with HRas | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of natural killer cell mediated immunity / diacylglycerol binding / antibacterial innate immune response / myeloid cell differentiation / phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response ...positive regulation of natural killer cell mediated immunity / diacylglycerol binding / antibacterial innate immune response / myeloid cell differentiation / phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / positive regulation of protein targeting to membrane / SHC1 events in ERBB4 signaling / adipose tissue development / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Schwann cell development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / myelination / EPHB-mediated forward signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / guanyl-nucleotide exchange factor activity / animal organ morphogenesis / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / positive regulation of epithelial cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / cellular response to gamma radiation / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / endocytosis / positive regulation of fibroblast proliferation / chemotaxis / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.302 Å | ||||||
Authors | Kondo, Y. / Iwig, J.S. / Kuriyan, J. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2017Title: A histidine pH sensor regulates activation of the Ras-specific guanine nucleotide exchange factor RasGRP1. Authors: Vercoulen, Y. / Kondo, Y. / Iwig, J.S. / Janssen, A. / White, K.A. / Amini, M. / Barber, D.L. / Kuriyan, J. / Roose, J.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6axg.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6axg.ent.gz | 996.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6axg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6axg_validation.pdf.gz | 550.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6axg_full_validation.pdf.gz | 606.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6axg_validation.xml.gz | 101 KB | Display | |
| Data in CIF | 6axg_validation.cif.gz | 135.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6axfC ![]() 4l9mS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 46660.285 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RASGRP4 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 19205.596 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HRAS, HRAS1 / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.01 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% PEG3350 and 300 mM sodium thiocyanate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→49.21 Å / Num. obs: 76133 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 9.2 % / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Net I/σ(I): 8.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.521 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4l9m Resolution: 3.302→49.21 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 105.97 / Phase error: 37.99
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.302→49.21 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation











PDBj

























