+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ya2 | ||||||
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Title | Crystal structure of LsrK-HPr complex with ADP | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Quorum sensing / LsrK / HPr / complex / ADP binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information autoinducer-2 kinase / autoinducer-2 kinase activity / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / regulation of carbon utilization / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / quorum sensing / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / single-species biofilm formation / enzyme inhibitor activity ...autoinducer-2 kinase / autoinducer-2 kinase activity / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / regulation of carbon utilization / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / quorum sensing / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / single-species biofilm formation / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity / enzyme activator activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.701 Å | ||||||
Authors | Ryu, K.S. / Ha, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2018 Title: Evidence of link between quorum sensing and sugar metabolism inEscherichia colirevealed via cocrystal structures of LsrK and HPr Authors: Ha, J.H. / Hauk, P. / Cho, K. / Eo, Y. / Ma, X. / Stephens, K. / Cha, S. / Jeong, M. / Suh, J.Y. / Sintim, H.O. / Bentley, W.E. / Ryu, K.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ya2.cif.gz | 450.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ya2.ent.gz | 371 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ya2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ya2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ya2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5ya2_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5ya2_validation.cif.gz | 55.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 58854.832 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase #2: Protein | Mass: 9129.332 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0AA04, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Protein-serine/threonine kinases |
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-Non-polymers , 4 types, 70 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.75 Å3/Da / Density % sol: 67.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 5~20%(v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.701→46.316 Å / Num. obs: 55508 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 7 % / Net I/σ(I): 25.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.701→46.316 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / Phase error: 28.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.701→46.316 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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