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Yorodumi- PDB-6is0: Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methylt... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6is0 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methyltransferase bound to SAH and m7G-capped RNA | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/RNA / RNA METHYLATION / METHYLTRANSFERASE / M6A / N6-METHYLADENOSINE / TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / methylation / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2019 Title: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase. Authors: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6is0.cif.gz | 221.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6is0.ent.gz | 172.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6is0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6irvC 6irwC 6irxSC 6iryC 6irzC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 57570.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A308V, H344N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: pcif1 / Plasmid: pE-SUMO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: A0A0R4IKJ1 |
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#2: RNA chain | Mass: 1083.701 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 5 types, 320 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SAH / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-M7G / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-B3P / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.36 % / Mosaicity: 0.04 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 9% PEG 3350, 0.1M potassium thiocyanate, 0.05M bis-Tris propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.74 Å / Num. obs: 54004 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 364594 / Scaling rejects: 130 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6IRX Resolution: 1.8→47.736 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.87 Å2 / Biso mean: 40.4453 Å2 / Biso min: 18.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→47.736 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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