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- PDB-6irz: Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methylt... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6irz | ||||||
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Title | Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methyltransferase bound to SAH and m7G-capped RNA | ||||||
![]() | PDX1 C-terminal-inhibiting factor 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA METHYLATION / METHYLTRANSFERASE / M6A / N6-METHYLADENOSINE | ||||||
Function / homology | ![]() mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / methylation / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() Title: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase. Authors: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 213.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 167.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6irvC ![]() 6irwC ![]() 6irxSC ![]() 6iryC ![]() 6is0C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57570.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A308V, H344N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SAH / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-M7G / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.97 % / Mosaicity: 0.07 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 13% PEG 3350, 0.1M potassium thiocyanate, 0.1M bis-Tris propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 4, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→46.9 Å / Num. obs: 38329 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 259727 / Scaling rejects: 1553 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6IRX Resolution: 2→46.566 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.07 Å2 / Biso mean: 51.6435 Å2 / Biso min: 27.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→46.566 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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