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- PDB-6jwh: Yeast Npl4 zinc finger, MPN and CTD domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jwh
タイトルYeast Npl4 zinc finger, MPN and CTD domains
要素Nuclear protein localization protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / UBIQUITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / Doa10p ubiquitin ligase complex / DNA replication termination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / RQC complex / protein localization to vacuole / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nonfunctional rRNA decay / Translesion Synthesis by POLH ...Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / Doa10p ubiquitin ligase complex / DNA replication termination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / RQC complex / protein localization to vacuole / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nonfunctional rRNA decay / Translesion Synthesis by POLH / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / replisome / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / retrograde protein transport, ER to cytosol / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mRNA transport / ERAD pathway / rescue of stalled ribosome / ubiquitin binding / positive regulation of protein localization to nucleus / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NPL4, zinc-binding putative / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / NPL4 family / MPN domain / MPN domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear protein localization protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72000253743 Å
データ登録者Sato, Y. / Fukai, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H04750 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H01175 日本
Japan Society for the Promotion of Science18H05501 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl4.
著者: Sato, Y. / Tsuchiya, H. / Yamagata, A. / Okatsu, K. / Tanaka, K. / Saeki, Y. / Fukai, S.
履歴
登録2019年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear protein localization protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,72512
ポリマ－53,7651
非ポリマー96011
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.971, 82.936, 92.123
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Nuclear protein localization protein 4 / HMG-CoA reductase degradation protein 4


分子量: 53765.355 Da / 分子数: 1 / 変異: E123A,K124A,E125A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: NPL4, HRD4, YBR170C, YBR1231 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P33755
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 4% Tacsimat (pH 6.0), 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.2826 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 62488 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 15.9 % / Biso Wilson estimate: 28.0897440339 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2842 / CC1/2: 0.583 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72000253743→47.865103903 Å / SU ML: 0.178323398949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34884102565 / 位相誤差: 22.4243122636
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192502304034 2876 4.94727607383 %
Rwork0.162781900936 55257 -
obs0.164296845314 58133 93.050020008 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.0671600852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72000253743→47.865103903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3687 0 56 406 4149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009953703536183853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19752096945201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0606564529853549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00577906558779671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.57550323181439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72000253743-1.74820.361534800356930.2952353512311692X-RAY DIFFRACTION60.7970027248
1.7482-1.77830.268257359498970.2452097984462001X-RAY DIFFRACTION71.5552523874
1.7783-1.81070.2385156271081000.2232444437342174X-RAY DIFFRACTION76.9543147208
1.8107-1.84550.3069043748641260.21670374922367X-RAY DIFFRACTION84.7670860252
1.8455-1.88320.2404200177931200.2061916955862520X-RAY DIFFRACTION90.6593406593
1.8832-1.92410.2267588914971210.2017582828022665X-RAY DIFFRACTION94.5047489824
1.9241-1.96890.2245923103761470.2011258091122688X-RAY DIFFRACTION96.395783747
1.9689-2.01810.2273218333921330.1815840519282708X-RAY DIFFRACTION96.3050847458
2.0181-2.07270.2064438902831440.1662970725542718X-RAY DIFFRACTION97.247706422
2.0727-2.13370.1830406450781470.1642263407062738X-RAY DIFFRACTION97.7634700102
2.1337-2.20260.2114268867211330.1661447155822765X-RAY DIFFRACTION97.9054054054
2.2026-2.28130.1920728605591290.1704147657832752X-RAY DIFFRACTION97.8600543478
2.2813-2.37260.2212975960181590.1724886518022765X-RAY DIFFRACTION97.8580990629
2.3726-2.48060.244259733781530.1711333938892762X-RAY DIFFRACTION98.5796415286
2.4806-2.61140.2166701829551520.1711047894862754X-RAY DIFFRACTION97.7792732167
2.6114-2.7750.2051053625051560.1687570811322774X-RAY DIFFRACTION98.7196765499
2.775-2.98920.2098206152781510.1664678481992816X-RAY DIFFRACTION99.0981963928
2.9892-3.28990.1908500355751310.161524960672859X-RAY DIFFRACTION99.4015957447
3.2899-3.76580.1530146046081470.1471920750122855X-RAY DIFFRACTION99.4368996356
3.7658-4.74390.1683873723591680.1315171535392877X-RAY DIFFRACTION99.7379626597
4.7439-47.8651039030.1749336845271690.1619123218383007X-RAY DIFFRACTION99.4053208138
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.9825603002 Å / Origin y: 28.5329126466 Å / Origin z: 49.2050662592 Å
111213212223313233
T0.141372870179 Å2-0.00531256454932 Å2-0.0219559899276 Å2-0.149490546545 Å20.0080238117342 Å2--0.153761443831 Å2
L0.971737251668 °2-0.297344187641 °2-0.0866111467212 °2-1.70941350911 °20.457388935911 °2--1.1931139189 °2
S0.0589786040051 Å °0.100421779706 Å °-0.0919302724985 Å °-0.00963908383343 Å °-0.110585379932 Å °-0.0426511789369 Å °-0.0370547601454 Å °0.00870567716587 Å °0.0353742683894 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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