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- PDB-4oih: Importin Alpha in Complex with the Bipartite NLS of Prp20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oih
タイトルImportin Alpha in Complex with the Bipartite NLS of Prp20
要素
  • Guanine nucleotide exchange factor SRM1
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN / Bipartite NLS / Nuclear Localisation / Prp20 / PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pheromone / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of transcription by glucose / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of mitotic spindle assembly / nuclear import signal receptor activity ...response to pheromone / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / regulation of transcription by glucose / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / regulation of mitotic spindle assembly / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / poly(A)+ mRNA export from nucleus / non-canonical NF-kappaB signal transduction / nucleus organization / ribosomal subunit export from nucleus / positive regulation of type I interferon production / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / cell division / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / glutamatergic synapse / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / : / : / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat ...Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / : / : / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor SRM1 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roman, N. / Christie, M. / Swarbrick, C.M.D. / Kobe, B. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Characterisation of the Nuclear Import Receptor Importin Alpha in Complex with the Bipartite NLS of Prp20
著者: Roman, N. / Christie, M. / Swarbrick, C.M.D. / Kobe, B. / Forwood, J.K.
履歴
登録2014年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide exchange factor SRM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7222
ポリマ－52,7222
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.910, 89.920, 99.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore ...Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Guanine nucleotide exchange factor SRM1 / PrP20 / Pheromone response pathway component SRM1 / Pre-mRNA-processing protein 20 / Regulator of ...PrP20 / Pheromone response pathway component SRM1 / Pre-mRNA-processing protein 20 / Regulator of chromosome condensation / Suppressor of receptor mutations 1 / mRNA transport protein 1


分子量: 2835.271 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-25 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PRP20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21827
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 500mM sodium citrate, 10mM DTT, pH 6.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.15K
PH範囲: 6.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月2日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.37 Å / Num. obs: 53834 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3UL1

3ul1


解像度: 2.1→36.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.825 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20125 2126 5.1 %RANDOM
Rwork0.1677 ---
all0.1677 ---
obs0.16941 39904 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 0 125 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.9674641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96437809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.59625.597134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.13915601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.0821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 170 -
Rwork0.194 2878 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6225-0.5671-0.36860.58030.33040.3150.0287-0.09210.11560.00990.0623-0.07470.04790.0416-0.0910.0705-0.0232-0.00810.0275-0.03550.0809-1.525421.4373-0.4323
20.5088-2.0424-0.7410.1554.662.7917-0.1547-0.0408-0.12850.44470.07560.7230.20080.10510.07910.1687-0.01950.02130.1809-0.07360.3511-1.125913.8033-3.1506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 497
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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