PDB-4o4j: Tubulin-Peloruside A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4j

タイトル

Tubulin-Peloruside A complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / PELORUSIDE A / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside A.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4j.cif.gz	888.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4j.ent.gz	733.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4hC 4o4iC 4o4lC 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gf3-d 4i50-d 6ses-d 6o61-d 5xlz-d 5yl4-d 5zxh-d 5jqg-d 6d88-d 6jcj-d 5xag-d 5xkf-d 4o2a-d 6bs2-d 6f7c-d 6y4m-d 5xhc-d 4zi7-d 6s9e-d 5lp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.370, 157.840, 180.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 858分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-POU / Peloruside A / (1R,3R,4S,7S,9S,11S,13R,14R,15R)-4,11,13,14-tetrahydroxy-7-[(2Z,4R)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-3,9,15-trimethoxy-12,12-dimethyl-6,17-dioxabicyclo[11.3.1]heptadecan-5-one 分子量: 548.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₈O₁₁
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月10日
放射	モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR ...モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR (M2) TO VERTICALLY AND HORIZONTALLY FOCUS THE BEAM AT THE SAMPLE POSITION (WITH 2:1 HORIZONTAL DEMAGNIFICATION) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→72.3 Å / Num. obs: 150728 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13.09
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.958 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DA+		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.2→72.3 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	7568	5.02 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.203	150719	99.7 %
all	-	151188	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→72.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16813	0	238	845	17896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	24088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.161	6658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	2652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3121

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2251	0.3769	237	0.3415	4319	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2251-2.2513	0.3264	237	0.2974	4746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2513-2.2787	0.3038	258	0.2875	4723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2787-2.3076	0.3447	253	0.2843	4729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.3379	0.2971	259	0.273	4728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.37	0.3056	243	0.2624	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4038	0.3085	248	0.2579	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.4397	0.2987	237	0.256	4778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4397-2.4778	0.2941	256	0.2373	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4778-2.5184	0.2774	253	0.2342	4744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5619	0.2899	243	0.2402	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5619-2.6085	0.2701	245	0.2259	4773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6085-2.6586	0.2736	230	0.2254	4733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6586-2.7129	0.285	261	0.2261	4759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7129-2.7719	0.2608	245	0.2205	4776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7719-2.8364	0.27	257	0.2246	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9073	0.2815	262	0.2261	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-2.9859	0.2734	255	0.2306	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9859-3.0738	0.2625	235	0.2052	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0738-3.173	0.233	253	0.2048	4775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.173-3.2864	0.2483	272	0.2006	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2864-3.418	0.2346	263	0.1908	4766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.418-3.5735	0.2432	258	0.1859	4809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5735-3.7619	0.2245	259	0.1744	4788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7619-3.9976	0.1751	238	0.1607	4840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9976-4.3062	0.196	252	0.1617	4823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3062-4.7395	0.189	284	0.1544	4855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7395-5.4251	0.2171	253	0.1687	4848	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4251-6.8343	0.233	259	0.1987	4913	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8343-72.3403	0.2124	263	0.1997	5106	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7997	0.068	-0.0448	1.9261	0.7105	1.1035	0.1958	0.0795	0.3765	-0.299	0.0293	-0.2256	-0.7756	0.1587	-0.0724	0.5229	-0.07	0.1012	0.2757	-0.0798	0.3122	28.2432	99.0692	54.6109
2	0.2535	0.1046	0.2525	0.8042	0.3291	0.657	-0.0309	0.1641	0.1582	-0.2327	0.346	-0.3487	-0.3844	0.4028	-0.0709	0.2921	-0.016	0.1404	0.2043	-0.3614	0.2072	34.281	83.5152	48.3641
3	0.4463	0.0544	-0.2252	1.7073	0.7321	1.6799	0.043	0.007	0.0819	0.2799	0.0622	-0.0811	0.0027	0.1121	-0.0851	0.2388	0.0331	0.0066	0.1749	-0.0851	0.2032	24.2444	80.9302	62.7376
4	0.3766	0.1471	-0.1961	1.4857	0.5435	2.5679	0.1234	-0.0102	-0.0325	0.2897	-0.1909	0.5069	0.0888	-0.4382	0.1262	0.3833	-0.0071	0.1486	0.3021	-0.1769	0.312	9.4023	84.0726	71.9111
5	1.1662	-0.7562	-0.3491	2.1044	1.7134	1.4654	-0.1587	-0.3693	-0.0091	0.7241	0.0893	0.2244	0.2432	-0.2808	0.2899	0.5377	0.0285	0.1072	0.2848	-0.1274	0.2905	16.9368	89.9659	80.6808
6	1.1566	0.1719	0.4938	1.3577	0.4045	2.3474	0.0791	-0.0372	0.0058	0.3099	-0.008	0.214	0.2898	-0.1527	-0.0048	0.4528	0.0086	0.0595	0.2712	-0.1113	0.2657	17.9108	89.6802	73.6932
7	0.1687	-0.1637	-0.1144	0.7244	0.8412	1.0787	-0.054	-0.1162	0.0027	0.6531	0.0739	0.0344	0.4291	0.115	-0.0706	0.3841	0.0733	0.0137	0.1902	-0.085	0.2392	22.8445	69.5085	66.676
8	0.3002	0.1049	0.0815	1.3019	0.7938	0.9438	0.0195	-0.0318	-0.0159	0.5223	0.1455	-0.2011	0.1828	0.2387	-0.133	0.3652	0.1843	-0.1291	0.2174	-0.1583	0.2969	33.0694	62.2298	62.1353
9	0.9185	-0.1592	-0.0417	1.213	0.8854	1.5984	0.0295	0.058	0.1107	-0.0442	-0.0699	0.0824	-0.2479	-0.1109	-0.1736	0.1198	0.0142	0.0349	0.182	-0.0839	0.1954	16.7604	59.6542	26.0442
10	0.4613	-0.2178	-0.1344	1.4028	0.9834	1.4488	-0.0489	-0.1007	-0.0285	0.428	-0.0506	0.1796	0.2576	-0.1541	-0.058	0.1296	-0.0077	0.0444	0.1906	-0.077	0.2026	15.2434	50.372	38.631
11	1.2131	-0.314	-0.1156	2.6409	0.9215	2.1077	-0.0047	0.1152	0.2426	-0.1941	0.0096	0.0781	-0.3617	-0.0009	0.0168	0.1533	-0.0401	-0.0052	0.1725	0.001	0.1689	14.6192	42.4337	-13.0886
12	0.8029	-0.0078	-0.0587	1.2915	0.7021	1.0567	0.0018	0.2382	0.0012	-0.3495	0.104	-0.1927	-0.1628	0.1396	-0.0817	0.1333	-0.0432	0.0311	0.1882	-0.0467	0.1535	24.994	30.6361	-14.6126
13	0.5599	-0.1251	-0.2107	1.445	0.2134	1.3362	-0.0827	0.0081	0.1656	0.0962	-0.004	0.1504	0.1502	0.0241	-0.0799	0.111	-0.0126	-0.0068	0.1566	-0.0706	0.1457	20.7157	20.756	-3.7143
14	0.7993	-0.3057	0.2441	0.5878	0.5474	0.9305	0.0653	-0.0373	0.0244	-0.0272	-0.1238	0.1916	0.0473	-0.3394	0.0933	0.1137	-0.0279	0.0158	0.2239	-0.0466	0.1953	3.8955	28.7104	0.4009
15	0.9889	-0.0935	0.3659	0.8967	0.4039	1.3918	-0.0475	-0.0932	0.1076	-0.0698	-0.0694	0.1418	0.1371	-0.3533	0.1148	0.131	-0.0308	0.0228	0.2145	-0.071	0.2045	1.3574	34.6619	8.7383
16	0.5997	-0.4758	-0.2849	1.2587	0.8863	1.376	-0.0258	-0.0151	-0.1169	0.2675	0.0913	-0.0348	0.3484	0.1755	-0.0563	0.1663	0.0012	-0.0271	0.1276	-0.0556	0.217	20.4744	13.2774	2.5006
17	2.2002	-0.1829	-0.1424	2.4922	0.8437	2.0436	-0.0606	0.4174	0.2808	-0.4849	0.146	0.1435	-0.1513	-0.3676	0.0397	0.2843	-0.0707	0.0279	0.5668	-0.0613	0.2037	15.3085	11.406	-41.0667
18	0.7031	-0.3815	-0.2666	1.1422	0.5301	1.6424	-0.0702	0.5993	0.0111	-0.3677	0.1307	-0.2882	0.145	0.0791	-0.2184	0.3499	-0.0629	0.0832	0.6605	-0.2419	0.3055	28.9982	2.6421	-43.2638
19	0.5932	-0.2122	-0.0547	0.2406	0.0992	0.5617	-0.0903	0.2595	-0.2095	0.0656	0.0207	-0.133	0.6371	-0.0866	-0.5574	0.4947	-0.1062	0.0596	0.4066	-0.3757	0.402	22.3358	-8.6848	-32.4119
20	0.4445	0.3336	0.3563	0.4257	0.6327	1.0446	-0.0437	0.1286	-0.2064	-0.1399	-0.0482	0.1902	0.3828	-0.3966	-0.0913	0.4266	-0.244	-0.0355	0.6466	-0.2011	0.3236	7.3295	-8.0181	-39.0268
21	0.935	0.0016	0.055	1.1855	0.137	2.2877	-0.0528	0.3742	-0.0686	-0.0426	0.073	-0.1042	0.0801	-0.1152	-0.0063	0.1842	-0.042	0.0472	0.2606	-0.1157	0.2265	18.4342	6.2822	-23.3377
22	0.393	-0.3651	-0.2097	2.0313	-0.1194	1.3298	0.2216	0.2832	-0.2308	-0.3517	-0.0973	0.5324	0.3928	-0.5138	0.3349	0.4583	-0.2301	-0.0239	0.5991	-0.2203	0.3725	1.1622	-5.8517	-26.6458
23	1.2574	0.2863	-0.1695	1.1433	0.7686	1.9952	-0.0892	0.1117	0.1431	0.1876	-0.1322	0.2305	0.0071	-0.7909	0.1056	0.1871	-0.1005	-0.0189	0.5489	-0.1107	0.273	2.1696	4.9888	-18.6907
24	0.6047	-0.1096	-0.3658	0.8792	0.1742	1.1168	-0.0136	0.3513	-0.403	-0.0752	0.124	-0.0544	0.5811	-0.1248	0.1607	0.4884	-0.0656	-0.0276	0.373	-0.1989	0.3948	18.4845	-9.6956	-25.7356
25	1.9692	-0.3876	-1.2335	2.4701	1.3939	4.0428	-0.144	-0.1927	-0.2536	0.4299	0.144	-0.2228	0.7369	0.386	-0.0977	0.6216	0.0608	-0.0993	0.3245	-0.1289	0.4716	27.3168	-13.384	-17.1828
26	1.2176	-0.4582	0.0173	1.1326	0.5622	1.0034	0.0603	-0.1092	0.0872	0.4566	0.2155	-0.3531	0.4232	0.4921	-0.0008	0.7008	0.0223	-0.0766	0.378	-0.1544	0.3578	27.6244	93.3462	81.5154
27	0.268	-0.124	0.0992	1.2636	1.0567	1.2639	0.0307	0.0269	-0.0913	0.0661	0.3089	-0.4243	0.2	0.427	-0.3015	0.2001	0.0007	0.0746	0.4195	-0.2129	0.4385	43.2553	28.0573	3.594
28	1.1201	-0.2683	-0.4372	0.1771	0.2123	0.9447	-0.1678	-0.5034	-0.5493	0.2662	0.043	-0.2637	1.0024	0.0026	-0.0176	1.156	-0.1288	0.1164	0.5941	0.0278	0.5571	10.4039	55.0791	84.8024
29	-0.001	0.0255	0.0418	0.9536	0.4294	0.528	-0.0786	-0.1845	-0.6635	0.6058	-0.2252	-0.1191	0.9157	0.3525	0.1409	1.4743	-0.0437	0.2231	0.9892	0.162	0.977	2.2767	45.0815	99.8393
30	0.5973	-0.0521	-0.1817	0.8906	0.3248	0.89	-0.1887	-0.2056	-0.541	0.353	0.2164	0.121	0.5988	-0.1344	0.2244	1.0563	-0.1849	0.2683	0.7576	-0.0734	0.5307	2.8457	57.456	89.0182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 273 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 372 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 373 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 439 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 438 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 162 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 200 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 312 through 372 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 57 through 160 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 161 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 215 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 311 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 312 through 337 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 338 through 415 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 416 through 441 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 207 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 208 through 275 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 280 through 378 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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