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- PDB-4o4h: Tubulin-Laulimalide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4h
タイトルTubulin-Laulimalide complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / LAULIMALIDE / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Laulimalide / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside a.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Data collection
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,01022
ポリマ－261,6316
非ポリマー3,37916
水11,818656
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.693, 156.868, 180.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

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非ポリマー , 8種, 672分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-LLM / Laulimalide / (1R,3S,7S,8S,10S,12S,15Z,18R)-7-hydroxy-12-{(1S,2E)-1-hydroxy-3-[(2S)-4-methyl-3,6-dihydro-2H-pyran-2-yl]prop-2-en-1-yl }-3-methyl-5-methylidene-9,13,22-trioxatricyclo[16.3.1.0~8,10~]docosa-15,19-dien-14-one / ラウリマリド


分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
放射モノクロメーター: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror ...モノクロメーター: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→71.9 Å / Num. all: 173149 / Num. obs: 172824 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 2.89 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DA+データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier
開始モデル: 4I4T

4i4t


解像度: 2.1→71.9 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 8659 5.01 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.194 172789 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→71.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17432 0 208 656 18296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15924973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4536902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.3722610.32925426X-RAY DIFFRACTION100
2.1239-2.14890.3612740.31625394X-RAY DIFFRACTION99
2.1489-2.17510.34322870.30395462X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.20260.33922900.29095337X-RAY DIFFRACTION99
2.2026-2.23160.31682700.28315422X-RAY DIFFRACTION99
2.2316-2.26220.31572740.2765413X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.29450.32363190.26535378X-RAY DIFFRACTION99
2.2945-2.32870.2943060.25195418X-RAY DIFFRACTION99
2.3287-2.36510.26892960.24445410X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.40390.28823080.23955381X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.44540.26512900.22925481X-RAY DIFFRACTION100
2.4454-2.48980.25492740.21935443X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.53770.26732800.21995404X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.58950.24483030.21345426X-RAY DIFFRACTION100
2.5895-2.64580.27313020.21275429X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.70740.28322760.21155454X-RAY DIFFRACTION100
2.7074-2.77510.27062640.21395479X-RAY DIFFRACTION100
2.7751-2.85010.24452720.20715493X-RAY DIFFRACTION100
2.8501-2.9340.23723050.20135423X-RAY DIFFRACTION100
2.934-3.02870.22442690.18995513X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.1370.22962940.18585458X-RAY DIFFRACTION100
3.137-3.26260.22062960.19295510X-RAY DIFFRACTION100
3.2626-3.4110.22953100.19215453X-RAY DIFFRACTION100
3.411-3.59090.20842840.17525504X-RAY DIFFRACTION100
3.5909-3.81590.21262770.16225515X-RAY DIFFRACTION100
3.8159-4.11050.17272940.15255523X-RAY DIFFRACTION100
4.1105-4.52410.14623090.14255555X-RAY DIFFRACTION100
4.5241-5.17860.18032800.14165578X-RAY DIFFRACTION100
5.1786-6.5240.19523040.18245642X-RAY DIFFRACTION100
6.524-78.26560.18132910.17195806X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05630.015-0.28732.08540.86871.89130.02460.03640.2034-0.38220.2351-0.2596-0.61570.3187-0.1680.465-0.12020.09360.3547-0.10930.356831.84587.976851.6834
20.9034-0.0838-0.16422.13440.45331.94410.0749-0.02010.08320.14520.00340.0931-0.1760.0886-0.06490.3031-0.00630.04090.2718-0.07360.2919.507381.928565.8314
30.39680.2030.39862.08740.57451.27990.0072-0.08570.03270.4256-0.03340.1742-0.0888-0.04140.03140.43560.00810.08130.3579-0.06540.351519.184582.927773.3328
40.58880.1895-0.14141.40380.80072.0646-0.02730.0036-0.16940.31850.2039-0.2410.27370.527-0.11480.33430.0865-0.04350.3738-0.11390.380933.006861.520460.3443
52.2268-0.1139-2.73330.04620.07453.4603-0.0802-0.2497-0.59850.11290.05350.26360.6069-0.3279-0.05031.33530.08830.27451.11920.20521.099324.526364.08785.3239
62.3646-0.5417-0.68892.4865-0.01651.90230.15140.22780.4977-0.2396-0.09270.1748-0.5926-0.1052-0.04410.42470.00690.02350.2879-0.01220.398516.181769.897219.3479
71.118-0.2868-0.25971.22470.15561.30130.11090.31390.0268-0.2032-0.0297-0.1789-0.31390.3029-0.08180.307-0.04730.03770.4393-0.04270.296829.138656.134914.3195
81.07980.1078-0.22781.55980.71441.6854-0.0128-0.0642-0.0062-0.09150.0788-0.0787-0.16030.1626-0.06520.21650.00790.00660.3235-0.09030.289724.374553.133325.9925
93.3974-0.44960.47741.0794-0.44691.8364-0.1284-0.35340.19370.0296-0.16920.44340.1021-0.58050.23280.2794-0.02220.0160.4748-0.18770.40755.438550.628428.1325
100.4226-0.497-0.3170.95360.41741.33710.00850.0832-0.0299-0.0413-0.01970.2016-0.2497-0.26830.0340.3040.01990.01880.3632-0.09150.393310.15161.675435.4942
111.5945-0.33120.00750.81770.30971.5724-0.1589-0.142-0.02680.2007-0.01140.2765-0.1318-0.59280.16770.39080.04540.03320.4796-0.12340.42156.651160.661144.6258
120.7039-0.33210.28680.71950.70491.36470.0284-0.0444-0.08080.0113-0.08180.26850.1175-0.11210.07430.2925-0.01610.04590.2774-0.05220.300415.471341.9633.958
130.1635-0.21420.26331.63731.27463.3991-0.0061-0.0234-0.03840.32040.1029-0.09750.37170.3276-0.09620.24390.0164-0.04940.2572-0.01760.269425.683738.093631.2249
140.00640.0045-0.00640.0031-0.00450.00630.0332-0.0346-0.0327-0.01920.00290.2179-0.0651-0.0816-0.00140.97180.28510.27851.28890.13941.2738-0.838153.214246.593
150.7494-0.1041-0.10761.61380.30471.4358-0.03240.10060.0949-0.18650.0881-0.0262-0.12650.0929-0.04140.1703-0.04950.02350.2225-0.0250.210920.195332.5043-12.0374
160.6405-0.298-0.08641.02640.58771.3292-0.01970.02430.03450.0508-0.03760.09070.0518-0.17260.0520.1899-0.03690.02620.2426-0.03020.25187.820325.73073.1731
172.4905-0.49950.11162.06780.10381.6708-0.11930.52740.0752-0.41610.13050.11450.0371-0.1641-0.02270.443-0.08820.01670.5586-0.03160.302317.2199.1658-43.941
180.84570.0355-0.2140.85620.0551.6578-0.07890.282-0.1276-0.24860.0768-0.10250.23940.0243-0.01230.4007-0.04070.05240.4051-0.13540.31520.3092-2.7775-33.6524
191.46380.0984-0.40960.82120.46551.6033-0.16650.2139-0.17780.04140.04370.06770.2899-0.23320.12650.3924-0.08850.04480.3588-0.08640.30978.92-4.2053-21.1408
202.3021-0.2299-1.37191.27670.12392.598-0.1347-0.0454-0.39440.01410.0182-0.11620.45340.3924-0.00850.59120.07820.05050.432-0.12850.527130.1806-16.8316-23.9629
211.44060.04470.08480.48820.24040.5102-0.1861-0.15540.25940.5290.19-0.49840.33860.52540.02060.88030.02580.04230.6277-0.12590.488827.778392.866981.5402
220.1577-0.0831-0.23521.63781.37681.1391-0.061-0.01960.03570.35370.3153-0.26920.45110.4595-0.18690.3410.06390.03260.5175-0.16640.494842.932827.36573.7727
231.22640.9608-0.73342.8119-0.2480.9338-0.47610.3806-0.4946-0.30990.0870.02631.3395-0.5790.25361.0303-0.20170.1780.5858-0.13520.55236.71354.149769.8402
241.5397-0.002-0.23051.5287-0.46732.075-0.0627-0.738-0.37840.4755-0.3601-0.74210.21.1910.30870.66630.0819-0.04780.87390.22340.694615.880357.4568105.2438
251.72160.7288-1.58761.327-0.4531.6414-0.4120.0517-0.4722-0.03940.2393-0.00920.7398-0.1439-0.0420.7515-0.00940.11910.35370.04690.5061-1.357453.057193.5885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:180 )A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 181:311 )A181 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 312:401 )A312 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 402:436 )A402 - 436
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 437:439 )A437 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 1:88 )B1 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 89:127 )B89 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 128:197 )B128 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 198:223 )B198 - 223
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 224:295 )B224 - 295
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 296:373 )B296 - 373
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 374:401 )B374 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 402:438 )B402 - 438
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 503:503 )B503
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 1:197 )C1 - 197
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 198:440 )C198 - 440
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 1:88 )D1 - 88
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 89:295 )D89 - 295
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 296:401 )D296 - 401
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 402:441 )D402 - 441
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 6:46 )E6 - 46
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 47:143 )E47 - 143
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN F AND RESID 1:66 )F1 - 66
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN F AND RESID 67:198 )F67 - 198
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN F AND RESID 199:380 )F199 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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