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- PDB-4o46: 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o46
タイトル14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228
要素
  • 14-3-3 protein gamma
  • Nonstructural protein 1
  • Unidentified polymer
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / positive regulation of cell-cell adhesion / phosphorylation-dependent protein binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / regulation of neuron differentiation / protein kinase C inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / positive regulation of cell-cell adhesion / phosphorylation-dependent protein binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / regulation of neuron differentiation / protein kinase C inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / regulation of signal transduction / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / insulin-like growth factor receptor binding / negative regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein kinase C binding / protein sequestering activity / AURKA Activation by TPX2 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / receptor tyrosine kinase binding / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of T cell activation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / intracellular protein localization / presynapse / regulation of protein localization / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / mitochondrial matrix / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein domain specific binding / focal adhesion / host cell nucleus / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / S15/NS1, RNA-binding / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein gamma / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Qin, S. / Liu, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for histone mimicry and hijacking of host proteins by influenza virus protein NS1.
著者: Qin, S. / Liu, Y. / Tempel, W. / Eram, M.S. / Bian, C. / Liu, K. / Senisterra, G. / Crombet, L. / Vedadi, M. / Min, J.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein gamma
B: 14-3-3 protein gamma
C: 14-3-3 protein gamma
D: 14-3-3 protein gamma
E: 14-3-3 protein gamma
F: 14-3-3 protein gamma
G: Nonstructural protein 1
H: Nonstructural protein 1
I: Nonstructural protein 1
J: Nonstructural protein 1
K: Nonstructural protein 1
L: Nonstructural protein 1
M: Unidentified polymer
N: Unidentified polymer
O: Unidentified polymer
V: Unidentified polymer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,44473
ポリマ－196,44416
非ポリマー057
水00
1
A: 14-3-3 protein gamma
G: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36712
ポリマ－31,3672
非ポリマー010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
2
B: 14-3-3 protein gamma
H: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36720
ポリマ－31,3672
非ポリマー018
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
3
C: 14-3-3 protein gamma
I: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36716
ポリマ－31,3672
非ポリマー014
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
4
D: 14-3-3 protein gamma
J: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36711
ポリマ－31,3672
非ポリマー09
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
5
E: 14-3-3 protein gamma
K: Nonstructural protein 1
M: Unidentified polymer
N: Unidentified polymer
O: Unidentified polymer
V: Unidentified polymer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,60911
ポリマ－39,6096
非ポリマー05
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
6
F: 14-3-3 protein gamma
L: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3673
ポリマ－31,3672
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.829, 121.829, 314.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein gamma / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1 / 14-3-3 protein gamma / N-terminally processed


分子量: 29494.809 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAG / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P61981
#2: タンパク質・ペプチド
Nonstructural protein 1


分子量: 1872.202 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
由来: (合成) Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9YP60
#3: タンパク質・ペプチド
Unidentified polymer


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAG / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 57 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE UNIDENTIFIED POLYMER IN CHAINS M, N, O, AND V IS LIKELY PART OF ...THE AUTHORS STATE THAT THE UNIDENTIFIED POLYMER IN CHAINS M, N, O, AND V IS LIKELY PART OF DISORDERED 14-3-3-GAMMA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 291 K
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→113.59 Å / Num. all: 53464 / Num. obs: 53464 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 71.39 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-3.0615.10.920.811522676540.92100
3.06-3.24150.5451.410916072620.545100
3.24-3.47150.3332.310276868480.333100
3.47-3.74150.2213.49576764040.221100
3.74-4.114.90.1375.58799359030.137100
4.1-4.5914.80.09387961253660.093100
4.59-5.2914.70.089.37081148080.08100
5.29-6.4814.50.0868.75938840880.086100
6.48-9.1714.20.04116.64574932310.041100
9.17-38.52612.90.02820.32444919000.02898.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.12データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3uzd

3uzd


解像度: 2.9→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8997 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.682 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: coot was used for interactive model building. refmac was used during intermediate refinement steps. Model geometry was assessed on the molprobity server. disjoint helices have been modeled ...詳細: coot was used for interactive model building. refmac was used during intermediate refinement steps. Model geometry was assessed on the molprobity server. disjoint helices have been modeled into weak density. They have not been assigned specific amino acid sequences, and their direction is uncertain. additional uninterpreted density remains in that area of the electron density map. Attempts to locate additional 14-3-3-g molecules or larger fragments thereof by molecular replacement failed.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 1510 2.83 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2255 ---
obs0.2262 53371 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 215.11 Å2 / Biso mean: 69.7905 Å2 / Biso min: 18.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5067 Å20 Å20 Å2
2---5.5067 Å20 Å2
3---11.0135 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.494 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10854 0 57 0 10911
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3699SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes277HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1635HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10998HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12794SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10998HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14930HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.7
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 129 3.33 %
Rwork0.2555 3743 -
all0.2562 3872 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54610.3873-0.26422.39140.04092.15410-0.2505-0.02640.6583-0.01540.21940.3417-0.24120.01540.0901-0.0331-0.0011-0.2263-0.0577-0.142-10.662332.8536-26.1691
20.82160.33210.44912.15511.1222.21530.10560.1795-0.18320.1160.0039-0.12440.2535-0.0928-0.1094-0.06510.0249-0.1247-0.1396-0.0748-0.0013-10.137125.7826-58.0392
31.3620.13180.12993.04210.20181.6072-0.179-0.14470.08260.21770.1648-0.3919-0.31060.25730.0142-0.0348-0.0007-0.0717-0.1725-0.0903-0.061914.484661.5555-29.5978
41.32020.3607-0.59361.88380.18332.2958-0.02460.52380.0266-0.40820.2659-0.1118-0.64720.4185-0.24130.09-0.14940.0284-0.0975-0.0873-0.16114.758159.7083-67.2424
55.0461-3.9239-1.09795.55231.62781.8595-0.24390.3172-0.14680.695-0.09330.27370.40440.03150.33720.0951-0.01510.0967-0.3373-0.0066-0.1834-38.242277.6745-57.7331
63.87140.6653-1.56150.4201-0.69541.9115-0.04490.12280.1074-0.02890.2030.36950.1196-0.5645-0.1581-0.1996-0.16380.304-0.4578-0.19920.4536-74.747173.4749-55.4519
70-0.7968-0.63480.5454-1.35140.28130.00670.0233-0.01650.0103-0.00360.0050.00520.0173-0.00310.0745-0.0250.0171-0.00430.0244-0.0715-41.203379.3187-13.8204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7{ M|* }M6 - 25

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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