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- PDB-4o42: Tandem chromodomains of human CHD1 in complex with influenza NS1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o42
タイトルTandem chromodomains of human CHD1 in complex with influenza NS1 C-terminal tail dimethylated at K229
要素
  • Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
  • Nonstructural protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / viral / chromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / : / nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone H3K4me3 reader activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / : / nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone H3K4me3 reader activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / histone binding / Estrogen-dependent gene expression / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / chromatin remodeling / symbiont-mediated suppression of host gene expression / chromatin binding / chromatin / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) ...CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / helicase superfamily c-terminal domain / S15/NS1, RNA-binding / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Qin, S. / Xu, C. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for histone mimicry and hijacking of host proteins by influenza virus protein NS1.
著者: Qin, S. / Liu, Y. / Tempel, W. / Eram, M.S. / Bian, C. / Liu, K. / Senisterra, G. / Crombet, L. / Vedadi, M. / Min, J.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
B: Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,85414
ポリマ－24,7622
非ポリマー9212
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.068, 46.057, 46.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1 / CHD-1 / ATP-dependent helicase CHD1


分子量: 22942.408 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 268-443 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHD1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O14646, DNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド Nonstructural protein 1


分子量: 1819.269 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 216-230 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q38SQ2
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: 15% PEG3350, 0.1 succinic acid, pH 7, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.06 Å / Num. obs: 20229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.87-1.917.31.692821276100
8.97-46.065.531.9128823398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.14データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B2W

2b2w


解像度: 1.87→46.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2131 / WRfactor Rwork: 0.1825 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8353 / SU B: 6.096 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1249 / SU Rfree: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed with molprobity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 997 4.9 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1905 20188 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.25 Å2 / Biso mean: 41.1586 Å2 / Biso min: 17.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å2-0 Å2
2--1.81 Å2-0 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1415 0 17 96 1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9252033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83633062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8135188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61924.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05915240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.059157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5962.416728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5782.411727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5053.598909
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 84 -
Rwork0.279 1396 -
all-1480 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.2516 Å / Origin y: -12.1436 Å / Origin z: 14.2216 Å
111213212223313233
T0.0397 Å20.0174 Å2-0.0149 Å2-0.0904 Å2-0.0188 Å2--0.0254 Å2
L2.8349 °21.3715 °21.3507 °2-1.9098 °21.2134 °2--3.4712 °2
S0.097 Å °0.2592 Å °-0.2584 Å °-0.0122 Å °0.0887 Å °-0.132 Å °0.3123 Å °0.1271 Å °-0.1857 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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