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- PDB-3spr: Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38V/N166H in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3spr
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 sigma C38V/N166H in complex with TASK-3 peptide and stabilizer FC-THF
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • TASK-3 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Helical protein / Phosphoprotein / Adapter protein / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cellular response to acidic pH / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity ...negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cellular response to acidic pH / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / sodium channel activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / potassium ion import across plasma membrane / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / potassium channel activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / visual perception / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / synaptic vesicle / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / mitochondrial inner membrane / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein heterodimerization activity / dendrite / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusicoccin A-THF / 14-3-3 protein sigma / Potassium channel subfamily K member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Anders, C. / Schumacher, B. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: A semisynthetic fusicoccane stabilizes a protein-protein interaction and enhances the expression of K+ channels at the cell surface.
著者: Anders, C. / Higuchi, Y. / Koschinsky, K. / Bartel, M. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Nitta, H. / Preisig-Muller, R. / Schlichthorl, G. / Renigunta, V. / Ohkanda, J. / Daut, J. / Kato, N. / Ottmann, C.
履歴
登録2011年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1077
ポリマ－27,4202
非ポリマー6875
水3,081171
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,21414
ポリマ－54,8404
非ポリマー1,37410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.900, 109.200, 61.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26562.947 Da / 分子数: 1 / 変異: C38V N166H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HME1, SFN / プラスミド: pPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド TASK-3 peptide


分子量: 856.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPC2*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 176分子

#3: 化合物 ChemComp-FC7 / Fusicoccin A-THF / (1S,3aS,4R,5R,6R,7aS,10aS,10bR)-5-hydroxy-1-(methoxymethyl)-4,10b-dimethyl-7-(propan-2-yl)-1,2,3,3a,4,5,6,7a,8,9,10a,10b-dodecahydrocyclopenta[4',5']cycloocta[1',2':4,5]cyclopenta[1,2-b]furan-6-yl 4,6-O-(1-methylethylidene)-alpha-D-glucopyranoside / (1S)-3-イソプロピル-4β-(4-O,6-O-イソプロピリデン-α-D-グルコピラノシルオキシ)-6α,10aα(以下略)


分子量: 578.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H50O9
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.095M HEPES Na-Salt pH7.4, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 85825 / Rmerge(I) obs: 0.044 / D res high: 1.99 Å / Num. obs: 18617 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1019.77314481.410.021
61058399.710.023
46166399.610.026
34319499.410.029
2.53394599.710.042
2.32.5265899.410.065
22.361719910.155
1.99225999.210.548
反射解像度: 1.99→19.8 Å / Num. all: 18765 / Num. obs: 18617 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.434 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.53
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.99-20.5854.071124259199.2
2-2.30.15510.98278706171199
2.3-2.50.06521.14121532658199.4
2.5-30.04228.49185833945199.7
3-40.02940.24150823194199.4
4-60.02644.978021663199.6
6-100.02347.612634583199.7
10-19.7730.02148.38577144181.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345softwareデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3LW1

3lw1


解像度: 1.99→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.968 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 931 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1925 18617 100 %-
all-17686 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.46 Å2 / Biso mean: 17.264 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 45 171 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0382.0152942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1795286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19424.571105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22815.036418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.241517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1361.51279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87122075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8783871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2224.5841
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 66 -
Rwork0.432 1265 -
all-1331 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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