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万見
- PDB-4nxr: Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nxr
タイトルCrystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Neurexin-1 Peptide
要素
  • Neurexin-2-beta Peptide
  • T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
キーワードsignaling Protein/Peptide / Beta barrel fold protein / PDZ domain / peptide binding / specificity mutant / scaffold signaling protein for cell adhesion and cell junction / signaling domain / signaling Protein-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Schwann cell chemotaxis / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / neuroligin family protein binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / neuron cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of epithelial to mesenchymal transition ...positive regulation of Schwann cell chemotaxis / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / neuroligin family protein binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / neuron cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell-cell contact zone / activation of GTPase activity / cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of axonogenesis / protein localization to membrane / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Neurexins and neuroligins / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / neuron projection extension / extrinsic component of postsynaptic density membrane / main axon / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell adhesion molecule binding / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / cell projection / response to cocaine / receptor tyrosine kinase binding / kinase binding / ruffle membrane / positive regulation of protein binding / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / presynaptic membrane / protein-containing complex assembly / microtubule binding / dendritic spine / microtubule / positive regulation of cell migration / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / synapse / lipid binding / glutamatergic synapse / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site ...TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ANS / Neurexin-2-beta / Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Hengel, S.R. / Fuentes, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Distinct Roles for Conformational Dynamics in Protein-Ligand Interactions.
著者: Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Sun, Y.J. / Hengel, S.R. / Yu, L. / Fowler, C.A. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
B: Neurexin-2-beta Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7424
ポリマ－11,2532
非ポリマー4902
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.358, 50.323, 61.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 / TIAM-1


分子量: 10192.402 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 変異: L911M, K912E, L915F, L920V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: TIAM1 / プラスミド: PET21A-6HIS-rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13009
#2: タンパク質・ペプチド Neurexin-2-beta Peptide / Neurexin II-beta Peptide


分子量: 1060.158 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residue 659-666 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58401
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ANS / 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) / DANSYL ACID / 5-(ジメチルアミノ)-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 251.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M Sodium acetate, 0.1M HEPES, pH=7.5, 22% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.06 Å / Num. obs: 6821 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KZD

3kzd


解像度: 1.9→39.06 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.64 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 311 4.56 %
Rwork0.1466 --
obs0.1489 6821 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 31 99 919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1571118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.309312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.09120.23341240.15372881X-RAY DIFFRACTION96
2.0912-2.39380.24271510.15322998X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-3.01570.22481400.1632953X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-39.06610.14591500.1322981X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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