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- PDB-4nxp: Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nxp
タイトルCrystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM)
要素T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta barrel fold protein / PDZ domain / peptide binding / specificity mutant / scaffold signaling protein for cell adhesion and cell junction / signaling domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell-cell contact zone / activation of GTPase activity / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / small GTPase-mediated signal transduction ...regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell-cell contact zone / activation of GTPase activity / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / kinase binding / positive regulation of protein binding / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell junction / protein-containing complex assembly / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / synapse / lipid binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. ...TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Hengel, S.R. / Fuentes, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Distinct Roles for Conformational Dynamics in Protein-Ligand Interactions.
著者: Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Sun, Y.J. / Hengel, S.R. / Yu, L. / Fowler, C.A. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1921
ポリマ－10,1921
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.843, 45.843, 71.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1025-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1 / TIAM-1


分子量: 10192.402 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 変異: L911M, K912E, L915F, L920V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: TIAM1 / プラスミド: PET21A-6HIS-rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13009
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris, pH=8.5, 12% Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.888
11-h,-k,l20.112
反射解像度: 2.3→19.85 Å / Num. all: 4117 / Num. obs: 3866 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.18 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.17 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KZD

3kzd


解像度: 2.3→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.454 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25777 168 4.3 %RANDOM
Rwork0.21693 ---
obs0.21873 3697 93.4 %-
all-3958 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.21 Å20 Å20 Å2
2--9.21 Å20 Å2
3----18.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数666 0 0 47 713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.019674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.982905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.571584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.2324.66730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37615125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.499154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9982.999341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7974.496424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1293.15331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.80724.843964
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 21 -
Rwork0.297 265 -
obs-286 97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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