[日本語] English
万見
- PDB-4nry: Crystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody m66 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nry
タイトルCrystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody m66
要素
  • m66 Heavy Chain
  • m66 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Neutralizing Antibody / HIV-1 gp41 / Membrane Proximal External Region / MPER
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Ofek, G. / Yang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for HIV-1 Neutralization by 2F5-Like Antibodies m66 and m66.6.
著者: Ofek, G. / Zirkle, B. / Yang, Y. / Zhu, Z. / McKee, K. / Zhang, B. / Chuang, G.Y. / Georgiev, I.S. / O'Dell, S. / Doria-Rose, N. / Mascola, J.R. / Dimitrov, D.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Other
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: m66 Heavy Chain
B: m66 Heavy Chain
H: m66 Light Chain
A: m66 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1494
ポリマ－98,1494
非ポリマー00
水00
1
L: m66 Heavy Chain
H: m66 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0752
ポリマ－49,0752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: m66 Heavy Chain
A: m66 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0752
ポリマ－49,0752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.501, 100.724, 166.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: 抗体 m66 Heavy Chain


分子量: 23762.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 m66 Light Chain


分子量: 25312.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 52.5% polyethylene glycol 400, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月19日
放射モノクロメーター: SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→50 Å / Num. obs: 26613 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.14→3.24 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / % possible all: 50.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 7FAB

7fab


解像度: 3.14→44.84 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1372 5.08 %
Rwork0.228 --
obs0.229 25306 88.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6439 0 0 0 6439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7468969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9742355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1143-3.22550.4679640.34391199X-RAY DIFFRACTION42
3.2255-3.35460.3528760.32081836X-RAY DIFFRACTION63
3.3546-3.50730.30251270.2852397X-RAY DIFFRACTION85
3.5073-3.69210.29831710.27872745X-RAY DIFFRACTION97
3.6921-3.92330.3041330.26162846X-RAY DIFFRACTION99
3.9233-4.2260.28331730.22682845X-RAY DIFFRACTION100
4.226-4.65090.22051510.19452876X-RAY DIFFRACTION100
4.6509-5.32290.23341530.18662895X-RAY DIFFRACTION100
5.3229-6.70270.23951550.22532943X-RAY DIFFRACTION100
6.7027-44.84560.22281690.21393049X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.03740.022-0.0340.01940.02990.01270.06650.525-0.8064-0.43910.06080.4277-0.00930.0411-00.5820.0136-0.05490.5903-0.09940.5405-60.09111.15546.6481
2-0.02970.06350.02750.01110.10490.0714-0.1103-0.26340.06430.2270.09940.0937-0.1549-0.2726-00.3865-0-0.00870.6716-0.12930.4752-61.26268.526515.1579
30.1210.16950.00960.12910.00760.0522-0.1181-0.0839-0.3221-0.4965-0.09780.1658-0.3981-0.350600.44350.0589-0.06980.5905-0.19860.4412-63.4778.481811.2744
40.0739-0.284-0.04760.2282-0.0967-0.09950.23820.0731-0.8422-1.27251.39040.29950.4324-0.34690-0.3768-0.07492.09580.5879-0.6923-2.4509-32.148815.28880.7619
50.07360.00410.00570.03920.11010.02510.0097-0.12190.0045-0.67770.3335-0.4404-0.2278-0.6901-00.805-0.13680.24460.7985-0.25020.6883-33.086610.8539-0.5038
6-0.01820.0343-0.0018-0.04890.0236-0.0245-0.0178-0.0976-0.03550.0640.1176-0.35320.22460.1589-0-1.2646-1.37432.60110.4080.392-0.2028-17.131411.41920.993
7-0.01040.064-0.0116-0.0910.0448-0.0106-0.45840.40680.26-0.3778-0.9684-0.51330.30270.225-00.1944-0.77812.58921.1386-0.6001-1.4438-24.317214.1076-9.0259
80.03980.0793-0.00450.04820.04670.05730.2101-0.24650.0922-0.2826-0.1306-0.3725-0.62240.163400.67010.0066-0.040.5603-0.02530.5388-43.743316.205329.4644
90.16270.14040.04740.1237-0.13070.1525-0.16350.251-0.14970.2395-0.2176-0.0711-0.560.067300.37090.21250.11720.4798-0.26430.3524-54.863313.168728.4875
10-0.0094-0.00740.0080.0052-0.01210.0178-0.0406-0.2405-0.50830.1303-0.0773-0.1658-0.1223-0.437300.6458-0.0560.13450.4994-0.05050.4715-57.32465.83335.9189
110.0398-0.02510.0008-0.02950.00780.0120.0188-0.509-0.16580.3596-0.3992-0.4098-0.3405-0.408300.49150.06280.06710.4518-0.01910.4752-48.860812.231235.3915
120.02180.04240.00780.10060.0180.0435-0.4150.0221-0.2856-0.7888-0.2053-0.8716-0.2899-0.289200.39480.1202-0.14810.6676-0.2493-0.0659-61.708813.652323.9099
13-0.0103-0.0473-0.0522-0.0121-0.0276-0.02-0.1081-0.1138-0.01850.1646-0.0447-0.3501-0.1273-0.2257-00.339-0.1027-0.12380.46930.05330.5155-35.337312.446825.7456
14-0.00520.03760.02370.03040.0003-0.001-0.5589-0.2957-0.4422-0.2750.1005-0.2298-0.03950.3222-00.3999-0.64240.515-0.35790.36270.5092-26.063820.87029.7536
150.05930.1170.05860.0209-0.00540.0574-0.03590.134-0.4093-0.5171-0.1448-0.381-0.7747-0.2457-00.3453-0.2390.00980.59880.06790.6012-34.109918.104812.6295
160.06350.021-0.00370.010.00240.02680.01390.3049-0.3051-0.050.2365-0.1417-0.40520.157500.5594-0.09790.07990.7423-0.0210.4074-31.563127.27243.6848
170.02380.09050.03720.0050.03470.0153-0.025-0.17110.0271-0.08490.28440.2926-0.3023-0.190100.4469-0.15890.03440.5209-0.01580.4751-29.466726.061116.0002
180.04390.0104-0.0052-0.00520.02890.0087-0.2855-0.18140.09370.3602-0.3808-0.39410.26240.03700.6368-0.0052-0.08420.523-0.03060.4959-1.31560.012335.3425
190.0119-0.0094-0.03010.02560.04540.0186-0.53360.21960.2371-0.2309-0.4155-0.0217-0.27120.0482-01.04970.1241-0.38930.05080.12290.7071-5.077365.656425.6645
200.0252-0.05550.01190.02240.02010.0744-0.03990.00260.02460.2439-0.0720.2621-0.6163-0.208200.89190.1254-0.23790.5324-0.05910.6735-11.711163.957832.0342
21-0.00850.06370.0234-0.01630.01270.012-0.3399-0.1796-0.0842-0.4242-0.095-0.3426-0.0572-0.1369-00.50620.0601-0.22040.4054-0.02090.5056-10.330957.235835.0737
220.0276-0.0003-0.02790.00010.00640.00250.1564-0.0974-0.1077-0.02830.1982-0.1359-0.04510.2024-00.4662-0.1636-0.11380.10790.18670.8324-2.711563.181619.5901
230.0014-0.02380.0195-0.0124-0.0476-0.00760.1939-0.29530.6531-0.0026-0.1729-0.35430.047-0.2569-00.7948-0.0891-0.13570.36930.08540.379-8.704246.71745.7644
24-0.0008-0.0058-0.00320.01670.01220.00310.1181-0.2662-0.50560.12870.2132-0.5183-0.15550.0389-00.5781-0.1548-0.16790.71120.11770.7334-14.758325.976238.8081
25-0.0128-0.00250.00670.0069-0.0197-0.00890.1217-0.08570.3820.12590.2007-0.59010.04370.0581-00.871-0.0267-0.11970.53210.13960.8349-5.493823.583840.1259
26-0.0012-0.01330.01140.0193-0.00340.00040.2135-0.0528-0.01160.26360.2060.0612-0.2168-0.1595-00.5369-0.1605-0.10691.05150.10880.598-14.107943.876641.2953
27-0.03430.00970.00320.00160.0079-0.04420.26410.0827-0.1487-0.03720.18290.05370.44150.275700.82-0.4861-0.2562-1.61581.20260.4737-10.092216.692438.667
280.00470.0333-0.0099-0.0045-0.01470.0185-0.2457-0.2569-0.19020.1562-0.1192-0.0496-0.09370.217501.2544-0.2114-0.26880.45210.06690.7448-10.995624.422349.9717
29-0.0058-0.01370.00850.0141-0.04110.0047-0.4193-0.0779-0.3537-0.34830.0537-0.1661-0.061-0.629300.69150.0137-0.08140.5650.02040.5315-16.281444.394611.9049
300.09050.0952-0.10920.07670.08220.1233-0.19420.04110.089-0.07820.188-0.1718-0.1255-0.229400.68580.1835-0.18180.54310.10870.5607-13.501855.519213.3994
310.0118-0.0228-0.0293-0.0258-0.01380.0109-0.26310.0942-0.4073-0.3197-0.0812-0.8153-0.4763-0.105500.7606-0.0396-0.02850.83320.06360.8582-6.324158.84475.9464
32-0.00820.01460.01880.05060.02180.0201-0.39930.03520.0309-0.43610.05530.0466-0.22920.170300.62760.0276-0.03420.55010.13280.5375-12.261649.89716.2584
330.02530.03150.05050.00870.02030.0006-0.97960.0791-0.5364-0.1542-0.4712-0.2882-0.0272-0.154600.52380.0999-0.4390.43140.010.1961-14.168562.269418.3566
340.0640.21690.0336-0.19190.06660.04950.2996-0.5763-0.4197-1.4329-0.73190.1018-0.39090.06840-0.043-0.2710.0050.48550.06090.6795-17.246930.335925.5576
350.00990.01980.0183-0.00710.0330.0065-0.2147-0.11270.01460.18810.03290.1331-0.2745-0.235700.3651-0.16250.04350.4040.20770.509-20.943135.221525.2563
360.00950.00820.0055-0.01220.00450.0097-0.2334-0.2771-0.21710.1513-0.0108-0.4455-0.1948-0.2379-00.1938-0.18050.20150.51970.00780.7332-15.277333.298330.7506
370.02340.0956-0.01590.20650.03950.028-0.2722-0.24190.19670.00580.1919-0.1158-0.1522-0.282500.3175-0.12150.05880.60660.06570.4831-26.110729.89731.1822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN L AND RESID 1:25 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN L AND RESID 26:48 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN L AND RESID 49:101 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN L AND RESID 102:128 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN L AND RESID 129:174 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN L AND RESID 175:197 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN L AND RESID 198:213 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H AND RESID 1:17 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN H AND RESID 18:52 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN H AND RESID 53:67 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN H AND RESID 68:87 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN H AND RESID 88:103 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN H AND RESID 104:119 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN H AND RESID 120:145 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN H AND RESID 146:175 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN H AND RESID 176:194 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN H AND RESID 195:214 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 1:25 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 26:38 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 39:75 )
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 76:90 )
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 91:101 )
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 102:113 )
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 114:144 )
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 145:163 )
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 164:174 )
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 175:197 )
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 198:211 )
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN A AND RESID 1:17 )
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN A AND RESID 18:53 )
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN A AND RESID 54:67 )
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN A AND RESID 68:91 )
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN A AND RESID 92:120 )
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN A AND RESID 121:162 )
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN A AND RESID 163:174 )
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN A AND RESID 175:192 )
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN A AND RESID 193:232 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る