PDB-4ma3: Crystal structure of anti-hinge rabbit antibody C2095

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ma3

タイトル

Crystal structure of anti-hinge rabbit antibody C2095

要素

C2095 heavy chain
C2095 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malia, T. / Teplyakov, A. / Gilliland, G.L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structure and specificity of an antibody targeting a proteolytically cleaved IgG hinge.
著者: Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Brezski, R.J. / Luo, J. / Kinder, M. / Sweet, R.W. / Almagro, J.C. / Jordan, R.E. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2013年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ma3.cif.gz	341.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ma3.ent.gz	278.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ma3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4ma3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4ma3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4yC 4o51C 3qos PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ucb-d 5lgh-d 7k8p-d 6wla-3 5l7x-d 4ncc-1 6qu9-2 5dlm-1 3l7f-3 5x4g-d 3lex-2 4odu-1 5e2v-d 3qq9-2 4k23-d 5adp-d 4lex-d 6wj0-d 3fzu-1 6y49-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: C2095 light chain

H: C2095 heavy chain

A: C2095 light chain

B: C2095 heavy chain

ヘテロ分子

95.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: C2095 light chain

H: C2095 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: C2095 light chain

B: C2095 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.350, 79.440, 65.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	C2095 light chain 分子量: 23724.293 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	C2095 heavy chain 分子量: 23565.375 Da / 分子数: 2 / 断片: FD, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	HEAVY AND LIGHT CHAINS ARE CHIMERIC MOLECULES EACH COMPRISING A RABBIT VARIABLE DOMAIN AND HUMAN ...HEAVY AND LIGHT CHAINS ARE CHIMERIC MOLECULES EACH COMPRISING A RABBIT VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 23% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 64342 / Num. obs: 64342 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QOS

3qos
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.273 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21132	1291	2 %	RANDOM
R_work	0.17997	-	-	-
all	0.18063	62567	-	-
obs	0.18063	62567	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	-0.42 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6479	0	29	364	6872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.088	1.957	9183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.809	5	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.718	24.274	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.906	15	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.347	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.096	2	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.369	4	7069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.121	88	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.367	88	2113

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	96	-
R_work	0.221	4463	-
obs	-	-	85.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3101	-1.0742	-0.2747	3.09	0.198	1.01	0.0416	0.0429	0.0101	-0.1328	-0.0508	-0.1162	0.022	-0.0085	0.0092	0.0599	-0.0217	0.0176	0.062	-0.0095	0.0088	-35.2559	25.9361	-27.4396
2	2.6623	-0.779	0.3954	2.6732	-0.0075	2.0989	-0.0528	-0.1464	0.07	0.2404	0.0186	-0.1271	-0.1145	0.1882	0.0343	0.1146	-0.0497	-0.0406	0.2103	-0.055	0.1743	-9.4269	47.809	-21.0908
3	0.6125	0.7003	0.4185	2.3887	0.9462	1.8469	-0.0236	-0.0479	0.0038	0.1425	-0.0226	-0.0097	0.0458	-0.0863	0.0462	0.0899	0.0158	0.0013	0.0938	-0.0132	0.0307	-39.6531	29.9564	3.943
4	3.0079	1.219	0.3236	4.4607	0.1401	1.5873	-0.0816	-0.0476	-0.3417	-0.3077	-0.0015	-0.4451	0.144	0.2263	0.0831	0.1915	0.0881	0.0568	0.2198	-0.0168	0.2645	-16.3309	7.4675	13.5993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	2	L	114 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	2	H	115 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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