PDB-4m5y: Crystal structure of broadly neutralizing Fab 5J8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m5y

タイトル

Crystal structure of broadly neutralizing Fab 5J8

要素

Fab 5J8 heavy chain
Fab 5J8 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / fragment antigen binding / influenza hemagglutinin receptor binding site

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lee, P.S. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Antibody recognition of the pandemic H1N1 Influenza virus hemagglutinin receptor binding site.
著者: Minsun Hong / Peter S Lee / Ryan M B Hoffman / Xueyong Zhu / Jens C Krause / Nick S Laursen / Sung-Il Yoon / Langzhou Song / Lynda Tussey / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson
要旨: Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in ...

履歴

登録	2013年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m5y.cif.gz	360.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m5y.ent.gz	292.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5731C 5733C 4m4yC 4m5zC 3mlyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qhk-4 5cd3-1 4qhk-3 5y9k-d 6xca-d 6p60-2 4rnr-1 6nb5-1 5y2k-2 6y1k-d 4zyk-1 1s3k-d 5cd3-3 6p3b-d 5w6c-d 5aze-d 6tul-d 5kg9-2 4uom-d 4qhl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab 5J8 heavy chain

L: Fab 5J8 light chain

I: Fab 5J8 heavy chain

M: Fab 5J8 light chain

ヘテロ分子

97.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Fab 5J8 heavy chain

L: Fab 5J8 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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2

I: Fab 5J8 heavy chain

M: Fab 5J8 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.573, 99.983, 144.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab 5J8 heavy chain 分子量: 25088.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体	Fab 5J8 light chain 分子量: 22760.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 11% PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 190412 / Num. obs: 183997 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6687 / R_sym value: 0.91 / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MLY CHAINS H AND L

3mly

解像度: 1.55→49.151 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1865	9196	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1723	-	-	-
obs	0.173	183666	96.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6494	0	97	866	7457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	9437
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.166	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.2935	238	0.2682	4353	X-RAY DIFFRACTION	73
1.5676-1.5861	0.2528	254	0.2478	4617	X-RAY DIFFRACTION	78
1.5861-1.6054	0.2456	241	0.2412	5029	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6054-1.6257	0.2638	260	0.2419	5539	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6257-1.6471	0.2188	333	0.215	5792	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6471-1.6697	0.2207	325	0.2038	5821	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6697-1.6936	0.1991	309	0.1896	5854	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6936-1.7188	0.2059	356	0.1841	5822	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7188-1.7457	0.1914	307	0.1784	5863	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7457-1.7743	0.2188	295	0.1847	5919	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7743-1.8049	0.2094	334	0.1815	5810	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8049-1.8377	0.1956	292	0.1721	5918	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8377-1.8731	0.1832	326	0.1658	5922	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8731-1.9113	0.191	313	0.1639	5904	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9113-1.9529	0.175	316	0.1667	5902	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9529-1.9983	0.1863	328	0.171	5926	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9983-2.0483	0.2035	324	0.1715	5935	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0483-2.1037	0.1817	302	0.1646	5940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1037-2.1656	0.1908	307	0.1614	5954	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1656-2.2355	0.1748	304	0.1655	5958	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2355-2.3154	0.1916	327	0.1708	5982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3154-2.4081	0.1887	293	0.1714	6032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4081-2.5176	0.1935	321	0.1786	5983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5176-2.6504	0.1964	323	0.1808	6010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6504-2.8164	0.1974	293	0.1785	6037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8164-3.0338	0.1937	331	0.1815	6050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0338-3.3391	0.1922	309	0.183	6093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3391-3.8221	0.1792	313	0.1745	6105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8221-4.8148	0.1498	298	0.1408	6172	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8148-49.1752	0.1668	324	0.1581	6228	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9358	-0.0444	-0.9392	0.5403	0.4297	2.7555	-0.0543	0.0231	0.0273	0.0578	0.0378	-0.0093	0.0867	0.0351	0.0198	0.0826	0.0106	-0.0071	0.0926	0.0051	0.1168	35.971	15.0688	17.0715
2	1.1663	0.5326	-0.2881	1.8459	0.2172	1.1998	-0.1698	-0.4579	-0.7533	-0.2296	-0.2782	-0.9165	0.3102	0.4641	0.2874	0.282	0.0801	0.1823	0.3445	0.2446	0.6612	33.5976	-4.1702	43.461
3	1.3619	1.0951	-0.2797	1.8903	0.2507	2.5433	-0.1108	0.1799	-0.148	-0.0069	-0.0221	0.095	0.6153	-0.3307	0.0562	0.2354	-0.0937	0.0501	0.2026	-0.0466	0.1602	24.907	-0.2588	6.5246
4	2.0608	1.2463	-0.8861	2.5878	-0.6089	2.9801	-0.2158	-0.0582	-0.2811	-0.5899	0.0107	-0.3422	0.1403	0.1153	0.0953	0.2634	-0.0303	0.0747	0.1555	0.0347	0.1867	17.3828	-9.3318	43.6578
5	0.8524	0.0409	-0.7418	0.4406	-0.2895	2.8973	-0.0542	-0.0534	0.0417	-0.0464	0.0336	-0.0003	0.0593	0.0029	0.0236	0.0837	-0.0085	0.0003	0.0972	-0.0115	0.1369	54.5971	15.1167	-14.2791
6	1.2998	-0.1493	0.2058	3.733	0.3809	2.0675	-0.0169	0.0353	-0.2866	0.1526	-0.1129	0.8245	0.2873	-0.1779	0.065	0.1979	0.0087	0.0858	0.1634	-0.0357	0.3646	57.8786	-6.0149	-40.1282
7	1.2147	-1.0709	-0.2158	1.6113	0.0415	2.8445	-0.0672	-0.1639	-0.0629	0.0655	-0.0124	-0.1367	0.5389	0.4542	0.0265	0.208	0.1029	0.0265	0.2526	0.0269	0.163	66.3631	0.4093	-3.6137
8	1.3159	-0.5943	-0.4294	1.8327	0.3641	4.0362	-0.1815	-0.1563	-0.0701	0.329	0.1794	0.068	0.1122	0.1833	-0.0117	0.1794	0.0933	0.0254	0.1859	-0.0029	0.1463	73.5848	-9.5158	-40.5857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resid 1:123	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resid 124:209	H	124 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and resid 1:109	L	1 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and resid 110:209	L	110 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain I and resid 1:123	I	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain I and resid 124:209	I	124 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain M and resid 1:109	M	1 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain M and resid 110:209	M	110 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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