PDB-4lri: Anti CMV Fab Fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lri

タイトル

Anti CMV Fab Fragment

要素

MSL-109 Heavy Chain
MSL-109 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab Fragment / CMV neutralizing antibody / glycoprotein H or gH from CMV

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Stengel, K.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Mechanism for neutralizing activity by the anti-CMV gH/gL monoclonal antibody MSL-109.
著者: Fouts, A.E. / Comps-Agrar, L. / Stengel, K.F. / Ellerman, D. / Schoeffler, A.J. / Warming, S. / Eaton, D.L. / Feierbach, B.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lri.cif.gz	190.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lri.ent.gz	151.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5alb-d 6bzu-4 3tcl-2 4xcy-2 4gxv-1 5dd1-d 5fhb-d 4nrz-2 2f5a-d 4ydv-2 2aab-d 1nc2-1 5nb5-2 3mnv-1 4qhl-1 6axl-2 6okq-3 3cmo-1 5mu2-6 6dg2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MSL-109 Light Chain

B: MSL-109 Light Chain

P: MSL-109 Heavy Chain

C: MSL-109 Heavy Chain

97.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: MSL-109 Light Chain

P: MSL-109 Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: MSL-109 Light Chain

C: MSL-109 Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.619, 101.649, 113.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	MSL-109 Light Chain 分子量: 24006.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	MSL-109 Heavy Chain 分子量: 24896.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1mM Hepes pH 7.5, 70% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 102913 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→29.112 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	5147	5 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1883	102913	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.261 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9132 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.3272 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.4141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6698	0	0	709	7407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6861
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	9321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.921	2447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6691	0.2537	161	0.23	3097	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6691-1.6887	0.2541	168	0.2213	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6887-1.7093	0.2779	177	0.2144	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7093-1.7309	0.2662	157	0.2091	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7309-1.7537	0.2445	174	0.2049	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7537-1.7777	0.2375	158	0.1965	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7777-1.8031	0.2538	179	0.2004	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8031-1.83	0.2357	171	0.1962	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.8586	0.2396	174	0.1957	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8586-1.8891	0.2387	199	0.189	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8891-1.9216	0.247	183	0.1952	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9566	0.2271	162	0.1883	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9566-1.9942	0.2066	177	0.1942	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9942-2.0349	0.2588	164	0.1919	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.0791	0.2139	156	0.192	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0791-2.1275	0.2004	155	0.1885	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1275-2.1807	0.2281	189	0.1901	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1807-2.2396	0.2257	182	0.1903	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2396-2.3055	0.2438	164	0.1992	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3055-2.3799	0.2329	179	0.2021	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.4649	0.2602	175	0.2093	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4649-2.5635	0.2596	171	0.211	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5635-2.6801	0.2468	201	0.2115	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.8213	0.2349	174	0.2118	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8213-2.9979	0.216	160	0.206	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9979-3.2291	0.2069	162	0.1836	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2291-3.5535	0.1974	172	0.1736	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5535-4.0665	0.1606	176	0.1633	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0665-5.1189	0.1512	138	0.1467	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1189-29.1164	0.1966	189	0.1899	3498	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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