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万見
- PDB-4llw: Crystal structure of Pertuzumab Clambda Fab with variable domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4llw
タイトルCrystal structure of Pertuzumab Clambda Fab with variable domain redesign (VRD2) at 1.95A
要素
  • light chain Clambda
  • mutated Pertuzumab Fab heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda constant 3 / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pustilnik, A. / Lewis, S.M. / Wu, X. / Sereno, A. / Huang, F. / Guntas, G. / Leaver-Fay, A. / Smith, E.M. / Ho, C. / Hansen-Estruch, C. ...Pustilnik, A. / Lewis, S.M. / Wu, X. / Sereno, A. / Huang, F. / Guntas, G. / Leaver-Fay, A. / Smith, E.M. / Ho, C. / Hansen-Estruch, C. / Chamberlain, A.K. / Truhlar, S.M. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J. / Atwell, S.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2014
タイトル: Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface.
著者: Lewis, S.M. / Wu, X. / Pustilnik, A. / Sereno, A. / Huang, F. / Rick, H.L. / Guntas, G. / Leaver-Fay, A. / Smith, E.M. / Ho, C. / Hansen-Estruch, C. / Chamberlain, A.K. / Truhlar, S.M. / ...著者: Lewis, S.M. / Wu, X. / Pustilnik, A. / Sereno, A. / Huang, F. / Rick, H.L. / Guntas, G. / Leaver-Fay, A. / Smith, E.M. / Ho, C. / Hansen-Estruch, C. / Chamberlain, A.K. / Truhlar, S.M. / Conner, E.M. / Atwell, S. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02019年6月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mutated Pertuzumab Fab heavy chain
B: light chain Clambda
C: mutated Pertuzumab Fab heavy chain
D: light chain Clambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,47615
ポリマ－94,4194
非ポリマー1,05711
水6,485360
1
A: mutated Pertuzumab Fab heavy chain
B: light chain Clambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5946
ポリマ－47,2102
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
2
C: mutated Pertuzumab Fab heavy chain
D: light chain Clambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8829
ポリマ－47,2102
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.596, 71.179, 90.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 mutated Pertuzumab Fab heavy chain


分子量: 24193.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291*PLUS
#2: 抗体 light chain Clambda


分子量: 23016.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY3*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 15% PEG 8K + 200mM Ammonium Sulfate , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.32 Å / Num. all: 77876 / Num. obs: 76929 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.113
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.719 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→35.32 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2619 3843 RANDOM
Rwork0.2089 --
all0.212 76928 -
obs0.212 76928 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6352 0 55 360 6767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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