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- PDB-4ky1: humanized HP1/2 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ky1
タイトルhumanized HP1/2 Fab
要素
  • IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN
  • IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / alpha4 integrin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Arndt, J.W. / Hanf, K.J.M. / Lugovskoy, A. / Chen, L.L. / Jarpe, M. / Boriack-Sjodin, A. / Li, Y. / van Vlijmen, H. / Pepinsky, B. / Taylor, F. ...Arndt, J.W. / Hanf, K.J.M. / Lugovskoy, A. / Chen, L.L. / Jarpe, M. / Boriack-Sjodin, A. / Li, Y. / van Vlijmen, H. / Pepinsky, B. / Taylor, F. / Silvian, L. / Taveras, A.
引用ジャーナル: METHODS (SAN DIEGO) / 年: 2014
タイトル: Antibody humanization by redesign of complementarity-determining region residues proximate to the acceptor framework.
著者: Hanf, K.J. / Arndt, J.W. / Chen, L.L. / Jarpe, M. / Boriack-Sjodin, P.A. / Li, Y. / van Vlijmen, H.W. / Pepinsky, R.B. / Simon, K.J. / Lugovskoy, A.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN
H: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7452
ポリマ－46,7452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.010, 100.902, 140.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN


分子量: 23367.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: muHP1/2 CDRs + human kappa B3 germline VL framework / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO cell
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN


分子量: 23377.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human heavy IGHV1-f germline VH framework + human kappa subgroup 2 consensus VL FW4 region + human heavy subgroup 1 consensus VH FW4 region + human CH1 + human CL1) + VH V24S,F27Y,T32V
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO cell
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% PEG 3350 and 0.2 M ammoniumsulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 12244 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.1110.50.41812010.521198.9
3.11-3.2310.90.29211940.5531100
3.23-3.38110.21211950.6171100
3.38-3.5611.10.15612180.7641100
3.56-3.78110.1412041.011100
3.78-4.0711.10.1212270.9271100
4.07-4.48110.09612091.1441100
4.48-5.13110.07412460.9961100
5.13-6.4610.90.07112451.0181100
6.46-50100.08513051.082199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZU

3fzu


解像度: 2.97→36.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 38.46 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2843 592 4.8 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2097 12232 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.48 Å2 / Biso mean: 39.944 Å2 / Biso min: 16.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→36.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3284 0 0 0 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.9544582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9293.0025443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5085431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90825.039129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.10215539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.795159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.21867
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.52720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.5871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67223500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13431452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6964.51082
LS精密化 シェル解像度: 2.969→3.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 34 -
Rwork0.347 751 -
all-785 -
obs--88.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7569-0.88121.78972.80360.97415.8830.0660.4258-0.1032-0.13-0.111-0.02080.32890.66210.0449-0.010.07720.04560.13640.0408-0.0465-9.3942-26.8079-55.8478
25.1352-1.3878-2.82151.33190.14275.1764-0.0562-0.2595-0.0290.09390.06880.0514-0.1703-0.3023-0.0126-0.04650.0122-0.07820.01520.0689-0.0474-14.9905-25.3691-20.067
33.9606-0.47120.17922.76950.08924.6456-0.13640.53130.0922-0.3134-0.0795-0.1111-0.08950.28630.2159-0.0413-0.0294-0.0345-0.15520.0685-0.0236-25.713-12.0579-56.4442
48.5799-0.21940.32533.26820.13753.1851-0.3171-0.74690.52110.38740.3023-0.4645-0.5330.25350.01470.1241-0.0493-0.0292-0.0328-0.06930.0561-13.9802-9.6795-23.1096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2L109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3H2 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4H122 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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