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- PDB-4kr6: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kr6
タイトルCrystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex
要素
  • Probable tRNA sulfurtransferase
  • RNA (39-MER)
キーワードTransferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / thiazole biosynthetic process / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP ...tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification.
著者: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA sulfurtransferase
B: Probable tRNA sulfurtransferase
C: RNA (39-MER)
D: RNA (39-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3088
ポリマ－113,5054
非ポリマー8024
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.652, 110.325, 119.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111((chain A and (resid 4:10 or resid 24:45 or resid...
211((chain B and (resid 4:10 or resid 24:45 or resid...
112((chain A and (resid 76:109 or resid 114: 137 or...
212((chain B and (resid 76:109 or resid 114: 137 or...
113((chain A and (resid 167:181 or resid 182:209 or resid...
213((chain B and (resid 167:181 or resid 182:209 or resid...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.44197, -0.804303, 0.39719), (-0.807845, -0.549359, -0.213519), (0.389934, -0.226499, -0.892552)5.71677, 21.3955, 22.489401
2given(0.499903, -0.797086, 0.338749), (-0.804237, -0.572374, -0.159973), (0.321403, -0.192464, -0.927177)8.28537, 19.502899, 22.904499
3given(0.567138, -0.741477, 0.358561), (-0.74488, -0.647521, -0.160842), (0.351436, -0.175866, -0.919545)4.09714, 19.6703, 23.623301

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA sulfurtransferase / Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4- ...Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4-thiouridine synthase


分子量: 44193.094 Da / 分子数: 2 / 変異: E2K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: AAD36761, thiI, TM_1694 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase
#2: RNA鎖 RNA (39-MER)


分子量: 12559.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 292 K / pH: 4.6
詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, 2 mMDTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0085
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 30547 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.42
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C5S

2c5s


解像度: 2.85→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1513 4.98 %
Rwork0.186 --
obs0.188 30363 95.9 %
all-30363 -
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6232 1666 4 75 7977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92711453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9173374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041168
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A438X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B438X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.323
21A580X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B580X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.354
31A1484X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1484X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.9420.3153990.27362024X-RAY DIFFRACTION75
2.942-3.04710.27971400.2662593X-RAY DIFFRACTION96
3.0471-3.1690.29841400.23142647X-RAY DIFFRACTION99
3.169-3.31320.2791430.21482700X-RAY DIFFRACTION99
3.3132-3.48770.22431380.20462659X-RAY DIFFRACTION99
3.4877-3.7060.24731410.17932677X-RAY DIFFRACTION98
3.706-3.99190.20271410.16682675X-RAY DIFFRACTION98
3.9919-4.3930.17671400.15132693X-RAY DIFFRACTION98
4.393-5.02740.17941430.14862699X-RAY DIFFRACTION98
5.0274-6.32890.24151420.18062698X-RAY DIFFRACTION98
6.3289-37.18150.23851460.19372785X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2494-1.5548-0.0413.62740.89283.2356-0.1325-0.3547-0.19980.31980.22310.50250.0286-0.47260.09660.35340.09920.02860.50060.04630.38051.474421.189-13.223
22.1924-0.1931.07352.6576-0.80373.12140.00730.18730.0903-0.0684-0.1461-0.05980.1090.36590.14390.39990.0475-0.05380.4075-0.00240.368515.38616.6487-11.7529
31.3522-0.27380.43832.1259-0.70672.1487-0-0.0235-0.266-0.07970.02450.20810.2509-0.1515-0.03340.1986-0.0303-0.00060.24970.00290.315522.0402-14.515315.0414
42.9078-1.43730.53483.26010.7073.50650.25180.5395-0.2935-0.346-0.26260.2850.0916-0.11730.06380.39280.0450.00080.5365-0.10060.5639-16.332511.236730.8838
53.8960.57240.54553.58910.97932.9550.1037-0.61850.04050.1192-0.10730.262-0.07610.0990.05560.42970.05910.0320.4850.01430.32883.95327.836538.0575
62.99020.0306-0.34392.23810.50512.8262-0.018-0.05120.258-0.1026-0.0218-0.1855-0.54870.38190.0170.2977-0.072-0.02230.21020.02760.237732.530810.27619.8653
72.776-1.43710.21473.08250.31751.34850.55310.185-1.36170.2154-0.3370.43090.72850.2314-0.23541.3167-0.02-0.16890.889-0.04641.3669-3.8566-9.840933.4761
81.8741-0.64181.70770.8158-0.22131.78-0.5503-0.2369-0.12890.17040.1067-0.4992-0.21920.43040.3460.8939-0.06750.06981.22460.09591.081526.239525.5874-5.4205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 77:162
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 1:76
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 163:388
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 77:162
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 1:76
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 163:388
7X-RAY DIFFRACTION7chain C
8X-RAY DIFFRACTION8chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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