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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kr6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / thiazole biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification. 著者: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kr6.cif.gz | 412.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kr6.ent.gz | 335.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44193.094 Da / 分子数: 2 / 変異: E2K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / 遺伝子: AAD36761, thiI, TM_1694 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase #2: RNA鎖 | 分子量: 12559.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-HG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / pH: 4.6 詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, 2 mMDTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.0085 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0085 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 30547 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 81.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2C5S 解像度: 2.85→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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