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- PDB-4kr9: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex at ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kr9 | ||||||
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Title | Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex at 3.5 Angstrom resolution | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / thiazole biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification. Authors: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 407.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 337.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 481.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 546.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 44193.094 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E2K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase #2: RNA chain | Mass: 12559.541 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...Details: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate 2 mMDTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2006 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.474→52.165 Å / Num. obs: 20061 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 102.57 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.69 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: REFINEMENT WAS BASED ON SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE AND GROUPED B-FACTORS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 127.06 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 159.22 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.75 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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