+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kr6 | ||||||
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Title | Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / thiazole biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2014 Title: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification. Authors: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kr6.cif.gz | 412.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kr6.ent.gz | 335.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kr6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kr6_validation.pdf.gz | 471 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kr6_full_validation.pdf.gz | 493.3 KB | Display | |
Data in XML | 4kr6_validation.xml.gz | 32 KB | Display | |
Data in CIF | 4kr6_validation.cif.gz | 44.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kr7C 4kr9C 2c5sS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44193.094 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E2K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: ATCC 43589 / Gene: AAD36761, thiI, TM_1694 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase #2: RNA chain | Mass: 12559.541 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-HG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / pH: 4.6 Details: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...Details: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, 2 mMDTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 1.0085 |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2006 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE, / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0085 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→30 Å / Num. obs: 30547 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.42 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 81.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2C5S Resolution: 2.85→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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