PDB-4kn0: Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kn0

タイトル

Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate methotrexate

要素

Folate receptor beta

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Folate Receptor Beta / FOLR2 / folate receptor / Folic acid / folates / 5-methyltetrahydrofolate / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

folic acid receptor activity / sperm-egg recognition / folic acid transport / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wibowo, A.S. / Dann III, C.E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition.
著者: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kn0.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kn0.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kn0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kn0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4kn0_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	4kn0_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4kn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4kn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4km6C 4km7C 4kmxC 4kmyC 4kmzSC 4kn1C 4kn2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v2g-d 1z0k-1 2f3c-d 3lgp-2 1j2j-d 1qfj-4 1x8m-3 2hls-1 6uwd-d 6uvq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Folate receptor beta

ヘテロ分子

25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.601, 97.601, 99.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- CL
2	1	A-408- HOH
3	1	A-517- HOH
4	1	A-522- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質

Folate receptor beta / FR-beta / Folate receptor 2 / Folate receptor / fetal/placental / Placental folate-binding protein / FBP

分子量: 24021.988 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR2 / プラスミド: pSGHV0 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14207

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 232分子

#3: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% (w/v) PEG 3350, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0008 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月30日
詳細: The NOIR-1 detector was built by E. Westbrook; 180 cm lens focused CCD

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0008 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16898 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Χ²: 0.812 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	6.9	0.495	825	1.121	1	99.8
2.14-2.18	8.5	0.426	829	1.229	1	100
2.18-2.22	8.9	0.359	817	0.646	1	100
2.22-2.26	8.9	0.336	818	0.634	1	100
2.26-2.31	8.9	0.331	826	0.569	1	100
2.31-2.37	8.9	0.31	827	0.569	1	100
2.37-2.42	8.9	0.284	826	0.57	1	100
2.42-2.49	8.9	0.276	831	0.598	1	100
2.49-2.56	8.9	0.223	827	0.631	1	100
2.56-2.65	8.9	0.198	827	0.669	1	100
2.65-2.74	8.9	0.168	836	0.678	1	100
2.74-2.85	8.9	0.16	836	0.678	1	100
2.85-2.98	8.9	0.146	834	0.827	1	100
2.98-3.14	8.8	0.124	843	0.816	1	100
3.14-3.33	8.8	0.107	854	0.846	1	100
3.33-3.59	8.8	0.099	850	0.951	1	100
3.59-3.95	8.7	0.084	860	0.98	1	100
3.95-4.52	8.6	0.073	872	1.254	1	100
4.52-5.7	8.5	0.061	884	1.003	1	100
5.7-50	7.8	0.059	976	1.046	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KMZ

4kmz

解像度: 2.1→48.801 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8508 / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2309	987	5.86 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1814	16841	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.52 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.19 Å² / B_iso mean: 25.237 Å² / B_iso min: 10.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.3119 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.3119 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.6239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	92	228	1972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	245
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.138	656

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1003-2.211	0.2678	132	0.2098	2220	2352
2.211-2.3495	0.2503	161	0.1732	2182	2343
2.3495-2.5309	0.287	130	0.1978	2230	2360
2.5309-2.7856	0.2434	153	0.1967	2231	2384
2.7856-3.1886	0.2389	140	0.1847	2242	2382
3.1886-4.017	0.2135	132	0.1551	2307	2439
4.017-48.8137	0.1993	139	0.1747	2442	2581

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.895	-0.2605	0.3335	4.1776	-1.4452	6.5075	0.0135	0.3912	-0.7325	-0.3659	0.1441	-0.1086	0.6879	0.2937	-0.1264	0.1569	0.0013	-0.0349	0.1883	-0.0289	0.2204	10.1979	-47.3657	-11.6114
2	2.7113	-1.6209	-2.4553	4.2138	-0.1791	3.4592	0.0084	-0.1197	-0.4032	0.1702	-0.0209	0.2514	0.1562	-0.0658	0.0612	0.1569	-0.0793	-0.044	0.1938	0.0445	0.1875	-1.0626	-43.7761	-1.7475
3	2.0813	-0.1662	0.4667	1.1081	0.4102	1.3722	0.035	-0.1684	-0.1112	0.2689	0.0031	0.0025	0.1183	-0.1396	-0.0474	0.1912	-0.0345	-0.0192	0.1761	0.0444	0.1126	6.5328	-33.0012	4.8363
4	0.0596	-0.086	0.074	3.4293	-1.8876	3.525	-0.0182	0.0983	-0.167	-0.1943	-0.0904	-0.0552	0.0467	0.391	0.1103	0.1373	0.0007	-0.0414	0.1391	-0.0107	0.1424	15.4285	-38.9793	-9.9917
5	5.1998	0.8722	-2.5285	4.1637	1.4251	5.3154	0.0615	0.2648	0.2446	-0.4399	-0.0758	0.1822	-0.2031	-0.1621	0.0305	0.1378	0.0152	-0.0245	0.1453	0.026	0.1446	3.8475	-21.8876	-5.5132
6	3.2126	0.1761	-1.4638	1.3897	1.2279	1.8844	0.1755	0.041	-0.1186	0.1237	-0.1816	-0.1705	0.0555	-0.0108	0.0006	0.1701	-0.0306	-0.0647	0.1341	0.0116	0.0779	16.8543	-28.6821	6.7776
7	3.5349	0.4449	-0.1011	2.8553	1.8341	1.6778	0.0271	-0.2624	-0.0841	0.1804	0.0179	0.1735	0.0181	-0.1357	0.0139	0.1536	-0.0283	-0.0285	0.1305	-0.0129	0.0886	16.6469	-21.0937	6.3335
8	1.7267	0.8868	-0.4257	2.5114	0.2194	2.3211	0.0772	0.3006	0.0486	0.0056	-0.0298	0.1401	0.0589	-0.0977	-0.0271	0.1376	-0.0051	-0.0191	0.1619	0.0119	0.1027	5.355	-29.7139	-11.8704
9	3.5932	0.0405	-2.658	5.0523	-0.181	3.4676	0.126	0.354	-0.1744	-0.4066	-0.0452	0.0125	0.0329	-0.1869	-0.0155	0.1709	0.0329	-0.0754	0.1986	-0.0261	0.1324	5.3806	-37.8265	-22.1332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 24:42)	A	24 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 43:69)	A	43 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 70:103)	A	70 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 104:129)	A	104 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 130:140)	A	130 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 141:160)	A	141 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 161:178)	A	161 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 179:215)	A	179 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 216:226)	A	216 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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