PDB-4kmy: Human folate receptor beta (FOLR2) at neutral pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kmy

タイトル

Human folate receptor beta (FOLR2) at neutral pH

要素

Folate receptor beta

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Folate Receptor Beta / FOLR2 / GPI-anchor membrane receptor / Folic acid / folates / 5-methyltetrahydrofolate / antifolates / folate-conjugates / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

folic acid receptor activity / sperm-egg recognition / folic acid transport / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Wibowo, A.S. / Dann III, C.E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition.
著者: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kmy.cif.gz	103.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kmy.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kmy_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kmy_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	4kmy_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	4kmy_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4km6C 4km7C 4kmxC 4kmzSC 4kn0C 4kn1C 4kn2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gz9-d 2fbx-d 4d69-8 1gzc-d 3pwq-5 3o6p-d 1fjl-1 4irp-1 4d69-3 4lrh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Folate receptor beta

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.026, 75.026, 97.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質

Folate receptor beta / FR-beta / Folate receptor 2 / Folate receptor / fetal/placental / Placental folate-binding protein / FBP

分子量: 24021.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR2 / プラスミド: pSGHV0 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14207

#2: 化合物

ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン

分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.0 M Ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 7.0, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
詳細: The NOIR-1 detector was built by E. Westbrook; 180 cm lens focused CCD

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 28977 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.83	3.7	0.455	1470	0.68	1	99.7
1.83-1.86	4.2	0.415	1421	0.547	1	99.9
1.86-1.9	4.5	0.394	1419	0.6	1	99.9
1.9-1.94	4.7	0.326	1446	0.58	1	99.9
1.94-1.98	4.7	0.272	1460	0.718	1	99.9
1.98-2.03	4.7	0.237	1448	0.736	1	99.9
2.03-2.08	4.8	0.215	1434	0.791	1	99.9
2.08-2.13	4.8	0.176	1434	0.998	1	99.9
2.13-2.2	4.8	0.15	1456	1.018	1	99.9
2.2-2.27	4.7	0.145	1438	0.782	1	100
2.27-2.35	4.8	0.131	1436	1.016	1	100
2.35-2.44	4.8	0.125	1456	1.078	1	100
2.44-2.55	4.8	0.115	1457	1.038	1	100
2.55-2.69	4.8	0.112	1443	0.907	1	100
2.69-2.86	4.8	0.11	1445	1.013	1	100
2.86-3.08	4.8	0.109	1455	1.002	1	100
3.08-3.39	4.8	0.097	1451	1.042	1	100
3.39-3.88	4.8	0.085	1451	0.961	1	100
3.88-4.88	4.8	0.069	1464	0.867	1	99.8
4.88-50	4.7	0.074	1493	0.97	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KMZ

4kmz

解像度: 1.795→37.513 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / FOM work R set: 0.8952 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	1199	4.14 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1649	28939	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.735 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.91 Å² / B_iso mean: 32.0993 Å² / B_iso min: 17.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3435 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3435 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6871 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→37.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1667	0	15	164	1846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1745
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	2357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.821	624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7953-1.8672	0.2489	151	0.2123	3035	3186	99
1.8672-1.9522	0.2481	134	0.191	3071	3205	100
1.9522-2.0551	0.2247	136	0.175	3059	3195	100
2.0551-2.1838	0.1971	128	0.1606	3074	3202	100
2.1838-2.3524	0.2112	130	0.166	3126	3256	100
2.3524-2.5891	0.2034	136	0.1786	3053	3189	100
2.5891-2.9636	0.2305	120	0.1781	3093	3213	100
2.9636-3.7333	0.1845	144	0.1589	3094	3238	100
3.7333-37.5212	0.156	120	0.147	3135	3255	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7835	1.0017	0.2117	3.523	-1.0042	4.3164	0.0397	-0.2692	-0.4885	-0.0592	-0.1503	-0.33	0.6471	0.1363	0.1194	0.2999	0.0501	0.0165	0.2619	0.0511	0.3141	9.5282	-47.5997	1.5277
2	2.56	-0.4722	0.1342	5.61	-0.4977	3.5335	-0.0249	-0.0059	0.0948	0.0262	-0.0552	-0.6645	0.2116	0.5657	0.0738	0.1605	0.0266	0.0096	0.2751	0.0086	0.2888	15.1516	-39.1754	-1.9076
3	2.3608	-0.0735	1.0708	0.825	0.0243	1.5748	-0.0219	0.2085	0.0841	-0.2469	-0.0942	-0.0912	0.0372	0.0469	0.1074	0.2069	0.0118	0.0299	0.2387	-0.0004	0.2148	5.423	-32.8741	-10.8319
4	2.9665	0.5441	-0.0407	3.0713	1.5335	4.2997	0.088	0.0499	-0.3047	-0.1402	-0.2207	0.1951	0.6314	-0.452	0.1079	0.3351	-0.052	0.0045	0.2535	0.0256	0.244	-1.7025	-46.1366	1.4386
5	2.7311	0.3982	0.1033	5.5022	-3.137	4.4938	-0.004	-0.5008	0.6	0.6866	-0.1333	-0.0929	-0.5551	-0.0422	0.1465	0.209	-0.0065	-0.0315	0.2679	-0.0883	0.3026	1.8392	-25.0646	4.1939
6	3.9908	-1.3549	1.2108	5.596	2.8349	5.9237	-0.0714	0.142	-0.1061	0.0706	-0.2419	0.1192	0.0131	-0.2806	0.2963	0.1159	0.0291	-0.0003	0.1975	-0.0009	0.1722	-7.2408	-30.6706	-11.914
7	2.6413	-0.34	0.3308	1.5796	-0.0299	1.8922	-0.0181	-0.2214	0.1302	0.0702	-0.0911	0.0037	-0.1127	-0.149	0.113	0.1487	0.0139	0.0065	0.2525	-0.0291	0.2137	-5.9139	-27.9764	-2.0795
8	0.6783	0.3162	-1.6703	3.7083	-1.6368	4.2707	0.1322	-0.4046	-0.1115	0.4358	-0.2689	-0.3292	0.0564	0.4356	0.1411	0.2843	-0.034	-0.082	0.4138	0.0435	0.2301	8.5338	-36.8718	12.5648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 22:48)	A	22 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 49:61)	A	49 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 62:103)	A	62 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 104:125)	A	104 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 126:139)	A	126 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 140:159)	A	140 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 160:199)	A	160 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 200:228)	A	200 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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