PDB-4kbl: Structure of HHARI, a RING-IBR-RING ubiquitin ligase: autoinhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kbl

タイトル

Structure of HHARI, a RING-IBR-RING ubiquitin ligase: autoinhibition of an Ariadne-family E3 and insights into ligation mechanism

要素

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

キーワード

LIGASE / RING-IBR-RING / E3 ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

PKR/eIFalpha signaling / ubiquitin-like protein transferase activity / Lewy body / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin conjugating enzyme binding / RSV-host interactions / Cajal body / ubiquitin ligase complex / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Duda, D.M. / Olszewski, J.L. / Schulman, B.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of HHARI, a RING-IBR-RING Ubiquitin Ligase: Autoinhibition of an Ariadne-Family E3 and Insights into Ligation Mechanism.
著者: Duda, D.M. / Olszewski, J.L. / Schuermann, J.P. / Kurinov, I. / Miller, D.J. / Nourse, A. / Alpi, A.F. / Schulman, B.A.

履歴

登録	2013年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kbl.cif.gz	345.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kbl.ent.gz	285.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kbl_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kbl_full_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示
XML形式データ	4kbl_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4kbl_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/4kbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/4kbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kc9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ovp-d 4lqp-d 3dm0-d 3pam-d 2cm3-d 3au5-2 6jdy-d 2h1y-d 2hdj-4 4lqq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

B: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.403, 147.403, 86.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 / H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding ...H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding protein / UbcM4-interacting protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-binding protein 1 分子量: 64341.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARIH1, ARI, MOP6, UBCH7BP, HUSSY-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y4X5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 / H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding ...

分子量: 64341.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARIH1, ARI, MOP6, UBCH7BP, HUSSY-27 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y4X5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.92M potassium / sodium tartrate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CHES, 5% ethylene glycol, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→46.67 Å / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(Autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	(Autosol)	位相決定

精密化

解像度: 3.3→46.613 Å / SU ML: 1.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2831	4034	7.82 %	RANDOM
R_work	0.2313	-	-	-
obs	0.2353	51574	92.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 98.34 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.613 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6569	0	12	0	6581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.393	9141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.405	2514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2825-3.3211	0.3784	103	0.3551	1300	X-RAY DIFFRACTION	72
3.3211-3.3616	0.3937	147	0.3582	1605	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3616-3.4041	0.4054	127	0.3601	1471	X-RAY DIFFRACTION	86
3.4041-3.4489	0.3435	118	0.3397	1430	X-RAY DIFFRACTION	79
3.4489-3.4961	0.304	126	0.3262	1572	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4961-3.5461	0.3517	149	0.3189	1698	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5461-3.599	0.3314	135	0.3139	1692	X-RAY DIFFRACTION	96
3.599-3.6552	0.2837	151	0.3106	1718	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6552-3.7151	0.338	153	0.269	1700	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7151-3.7791	0.3145	144	0.268	1719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7791-3.8478	0.2734	146	0.2663	1654	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8478-3.9218	0.3135	155	0.2506	1748	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9218-4.0018	0.2772	139	0.2318	1682	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0018-4.0888	0.2983	149	0.2372	1690	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0888-4.1838	0.2954	143	0.2262	1695	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1838-4.2884	0.2261	148	0.2107	1690	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2884-4.4042	0.2264	137	0.2052	1660	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4042-4.5337	0.2671	126	0.1987	1470	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5337-4.6799	0.2047	134	0.1924	1592	X-RAY DIFFRACTION	91
4.6799-4.847	0.2762	145	0.181	1748	X-RAY DIFFRACTION	96
4.847-5.0409	0.2876	138	0.2049	1711	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0409-5.27	0.3227	144	0.2167	1685	X-RAY DIFFRACTION	96
5.27-5.5474	0.3263	143	0.2504	1718	X-RAY DIFFRACTION	96
5.5474-5.8944	0.3679	150	0.2434	1716	X-RAY DIFFRACTION	96
5.8944-6.3484	0.3759	140	0.2785	1661	X-RAY DIFFRACTION	94
6.3484-6.9854	0.2786	125	0.2694	1496	X-RAY DIFFRACTION	85
6.9854-7.9918	0.2929	145	0.1914	1698	X-RAY DIFFRACTION	96
7.9918-10.0522	0.2022	132	0.1674	1740	X-RAY DIFFRACTION	96
10.0522-46.6176	0.2533	142	0.2343	1581	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9818	-0.9629	-0.9608	0.899	0.0758	0.9745	-0.034	-0.1037	0.1948	0.2596	0.0835	-0.2292	0.0821	0.0312	-0.0517	1.2208	-0.0534	0.0154	0.945	-0.0277	1.0794	71.2196	119.9595	7.4834
2	0.8687	-0.7394	-0.2178	3.5554	0.8028	1.0851	0.0169	0.1929	0.1326	-0.2135	0.0381	-0.0737	0.0389	-0.0672	-0.0684	0.7701	-0.0577	0.0178	1.1361	-0.0501	0.8937	45.9444	145.317	-8.2106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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