PDB-3pam: Crystal structure of a domain of transmembrane protein of ABC-typ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pam

タイトル

Crystal structure of a domain of transmembrane protein of ABC-type oligopeptide transport system from Bartonella henselae str. Houston-1

要素

Transmembrane protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Bacterial extracellular solute-binding proteins / family 5 Middle / PSI2

機能・相同性

機能・相同性情報

microcin transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Nocek, B. / Stein, A. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a domain of transmembrane protein of ABC-type oligopeptide transport system from Bartonella henselae str. Houston-1"
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pam.cif.gz	214.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pam.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/3pam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/3pam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1jq9-d 1xa1-1 3qxs-d 6gi0-1 6apf-2 4afu-1 1kpm-d 1xx4-d 4a78-d 2eus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc62361.2

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protein

B: Transmembrane protein

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transmembrane protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.847, 39.715, 101.353
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Transmembrane protein 分子量: 29565.344 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 319-574 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: Houston-1 / 遺伝子: BH08740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q6G3A9, UniProt: A0A0H3LXD4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17 % PEG 4000, 8.5% 2-Propanol, Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.876
1	1	-L, K, H	2	0.124

反射

解像度: 2.31→37 Å / Num. all: 32185 / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19

反射シェル

解像度: 2.31→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 3201 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.31→36.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 12.715 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25684	1616	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22331	-	-	-
all	0.23	31871	-	-
obs	0.22496	30255	88.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.46 Å²	0 Å²	-4.56 Å²
2-	-	-6.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→36.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	30	67	3980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.941	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.915	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.049	24.162	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.616	15	615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.417	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.405	1.5	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.431	3	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.041	4.5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.366 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0	0
R_work	0	0

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8662	-1.1488	-4.5305	2.7829	2.1264	1.6233	-0.3596	-0.4495	-1.6478	0.138	-0.0177	0.9236	0.812	0.0064	0.3773	0.6726	-0.1523	-0.0564	0.4768	0.2299	0.9562	16.2741	-5.805	50.2791
2	5.2576	-2.4687	-4.6868	5.4085	-0.8766	5.8017	-0.028	-0.0552	0.2841	-0.2472	0.0288	0.0478	-0.3024	0.0726	-0.0008	0.3726	-0.0314	-0.0763	0.26	0.0486	0.2972	20.7015	7.7951	44.7731
3	6.5748	-1.9658	1.7297	7.5917	-2.8326	5.5781	0.1148	0.1823	-0.5678	-0.7023	-0.061	0.0384	0.5905	0.2944	-0.0538	0.3527	0.014	0.0782	0.351	-0.0531	0.2759	23.3322	-3.7385	39.5336
4	-1.23	-1.4781	-7.31	6.5362	-3.2766	-13.3193	0.1861	-0.6314	-1.3192	0.4339	0.0092	-0.4044	0.6954	0.3026	-0.1953	0.9476	0.061	-0.2114	0.8097	0.3849	0.9976	27.316	-16.7644	46.0074
5	5.4274	-1.1685	3.188	0.3219	-0.665	2.6894	0.3271	-0.0303	-1.0451	0.1816	-0.0846	-0.0484	0.6435	0.3285	-0.2425	0.6062	-0.0046	-0.0191	0.4178	0.0772	0.6547	13.353	-14.1595	45.3911
6	0.8139	0.5634	1.1118	-0.2156	0.9702	2.2455	-0.1136	0.4462	-0.3772	-0.3538	-0.0563	-0.0024	-0.0948	-0.1068	0.1699	0.4217	-0.08	0.0871	0.5762	-0.0456	0.443	2.1651	-0.6254	31.6583
7	10.0769	4.75	-4.5752	25.9587	-6.6464	5.1626	-0.3861	0.8306	0.3306	-0.6622	0.5494	0.6055	-0.0146	-0.5017	-0.1633	0.6533	-0.1018	0.0217	0.6121	-0.0924	0.3905	9.0335	-6.1574	29.3735
8	1.9019	3.6588	-3.6858	7.8197	-0.1001	3.0528	-0.084	-0.4037	-0.4508	0.3469	0.0232	-1.0279	0.5049	0.8939	0.0609	0.6268	0.0718	0.0217	0.5958	-0.0526	0.4696	25.3466	-11.7165	35.4937
9	2.6401	-6.2182	-2.743	16.9558	-4.7019	7.5983	-0.0322	0.501	-0.1031	-0.9415	0.1422	0.3849	0.0311	-0.3127	-0.1099	0.3678	-0.1583	0.0814	0.5045	0.0044	0.2712	27.9988	2.0949	31.805
10	1.0459	3.3719	-1.1214	3.813	-1.9833	7.2065	-0.1297	0.0173	0.5007	0.1249	0.0551	0.4067	-0.8147	-0.4344	0.0747	0.3768	-0.001	-0.007	0.3437	0.0024	0.323	35.2137	8.6303	38.4211
11	3.03	-1.2751	-1.6352	10.9535	-8.0251	11.9111	-0.2749	-0.7035	-0.5146	0.8283	0.1113	-0.0529	-0.1894	-0.1962	0.1637	0.3034	-0.0347	0.0504	0.5158	0.129	0.343	26.7583	-2.717	55.7456
12	4.8218	-4.5048	6.444	6.208	-0.1838	3.3039	0.5238	-0.6608	-0.4699	-0.2143	-0.0353	0.2042	1.0755	-0.3839	-0.4884	0.4346	0.0559	0.0728	0.3124	0.1283	0.3077	29.1939	-8.1179	51.003
13	8.1721	-2.9546	-3.2892	6.3741	-4.1625	8.3088	-0.0043	-0.2701	-0.1473	-0.2198	0.2004	-0.4377	0.437	0.4245	-0.1961	0.2714	-0.0035	0.0582	0.3642	0.0388	0.3831	33.7717	-1.7208	44.9604
14	4.4435	-3.6666	-0.0524	3.9666	1.9051	1.8761	-0.1219	-0.5969	0.145	0.312	0.1972	-0.0828	-0.0408	0.0618	-0.0753	0.4176	-0.007	0.0868	0.5952	0.0476	0.3435	22.8746	2.3729	61.9965
15	35.5535	-6.0181	-6.8367	4.734	-7.8343	11.3828	-0.1517	-0.5633	0.4265	0.3536	-0.0162	-0.1069	-0.6031	-0.0404	0.1679	0.2638	-0.0045	-0.0014	0.3019	-0.0107	0.2721	20.2551	6.9847	54.6431
16	13.9574	5.5815	-0.4042	1.8005	0.6716	-0.563	0.0118	0.0241	-0.1329	-0.0357	-0.0611	0.3368	0.3051	-0.2345	0.0492	0.4179	-0.0512	0.0565	0.621	0.063	0.5931	10.378	-5.9412	53.7999
17	5.3149	1.1968	1.2631	3.1011	0.4087	4.03	-0.0978	-0.1422	0.184	-0.0177	0.042	0.2523	-0.1019	-0.3024	0.0558	0.2583	0.0213	0.0542	0.2576	0.0145	0.2891	6.404	5.3628	49.7897
18	12.0113	10.5994	1.2078	9.222	-0.2689	2.2958	0.0511	0.171	0.0521	-0.1054	-0.0046	0.2794	-0.1486	-0.3954	-0.0466	0.3575	0.0228	0.0212	0.3813	-0.0129	0.3701	-6.6379	-0.0034	43.0695
19	4.0566	-0.1336	-1.5336	0.1271	0.3227	-0.0328	-0.0474	0.7932	-0.2989	-0.1716	0.0625	0.1712	-0.0539	-0.2842	-0.0151	0.3755	-0.0573	0.0323	0.4058	-0.0053	0.4246	0.9447	-4.5075	39.2037
20	3.1838	-1.2873	2.2807	0.15	-0.5139	2.4318	0.1758	-0.5166	-0.8185	-0.1757	0.1648	0.2959	0.7268	-0.3761	-0.3406	0.4287	-0.0034	0.0779	0.3993	0.0309	0.4562	15.6563	-7.3454	45.9921
21	2.3038	2.3599	-3.6109	-2.312	-1.7908	16.9794	0.2231	-0.2164	-0.7045	-0.0715	-0.5003	-0.4018	2.1412	1.1223	0.2771	0.8903	-0.0827	-0.228	0.4644	0.1834	0.6525	45.5411	-16.608	82.0144
22	10.7496	-0.1012	6.2831	-1.2465	1.7715	3.9605	-0.2151	0.613	0.9671	-0.358	-0.1887	-0.0567	-0.6125	-0.1018	0.4039	0.491	0.0447	0.1086	0.4251	0.0884	0.3353	45.0069	-1.7519	79.2839
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33	1.8447	-5.7012	4.1588	4.3611	-4.7577	6.4014	0.0139	0.1928	-0.219	-0.1197	0.1786	0.1075	-0.0507	-0.3328	-0.1925	0.3588	0.0308	0.1219	0.5065	0.0228	0.2613	43.0472	-10.8925	65.6241
34	7.4184	2.2165	0.9918	8.2337	1.818	6.4679	-0.0027	-0.0994	0.5444	0.253	0.0918	-0.5797	-0.3062	0.535	-0.0891	0.3986	0.0396	0.0691	0.4611	-0.0251	0.2119	60.0763	-9.7473	77.6686
35	3.6235	-7.3959	-2.9292	13.823	-3.3212	25.6481	0.2133	-0.452	0.549	0.3309	0.0683	-0.8534	-0.9625	0.7308	-0.2816	0.4225	-0.0105	0.1283	0.3866	0.0283	0.2003	52.2447	-4.9902	79.8522
36	-0.2622	-0.0442	-0.3632	-1.3496	1.0508	-2.9782	-0.0366	-0.1938	-0.3989	0.238	0.0888	-0.0966	0.3479	-0.2519	-0.0522	0.7553	0.0267	0.036	0.5943	0.0644	0.5905	48.2224	-18.6592	91.5571
37	4.1474	1.1058	-0.7696	4.4173	1.0032	3.9837	0.1055	-0.5472	0.1186	0.3458	0.1052	-0.2695	-0.3476	0.2817	-0.2107	0.4697	0.0157	0.091	0.3937	-0.0132	0.2412	48.922	-6.9034	93.1376
38	0.357	-0.5552	2.81	2.4593	-1.3685	6.0922	-0.035	-0.1836	0.1741	0.3052	0.3284	0.4788	-0.5387	-1.005	-0.2933	0.4727	0.0866	0.1919	0.4209	0.1105	0.3437	40.6723	-6.2326	93.195
39	3.9427	1.5428	-1.5821	1.1874	-1.6872	3.0462	0.2116	-0.4747	0.0537	0.5277	0.1484	0.0066	-0.1235	-0.2806	-0.36	0.6574	0.0576	0.1054	0.5124	0.059	0.2595	38.0685	-15.0171	106.9402
40	0.9366	-0.2589	-0.9878	1.257	-0.3797	2.3254	0.024	0.0051	-0.3095	0.1526	0.1477	0.2597	0.2524	-0.289	-0.1717	0.462	-0.0651	0.0389	0.4716	0.0999	0.3332	38.3068	-17.7906	89.877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	319 - 324
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	325 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	336 - 347
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	348 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	353 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	375 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	395 - 400
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	401 - 417
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	418 - 429
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	430 - 444
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	445 - 456
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	457 - 462
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	463 - 474
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	475 - 488
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	489 - 494
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	495 - 503
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	504 - 535
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	536 - 547
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	548 - 562
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	563 - 574
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	319 - 325
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	326 - 331
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	332 - 339
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	340 - 349
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	350 - 365
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	381 - 396
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	397 - 415
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	416 - 429
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	430 - 445
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	446 - 454
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	507 - 525
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	526 - 538
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	539 - 548
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	549 - 574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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