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- PDB-6apf: Trans-acting transferase from Disorazole synthase complexed with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6apf | ||||||||||||
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Title | Trans-acting transferase from Disorazole synthase complexed with Citrate. | ||||||||||||
![]() | DisD protein | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / acyl transferase / Disorazole synthase / citrate complex / polyketide synthase | ||||||||||||
Function / homology | ![]() [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Mathews, I.I. / Lyubimov, A. / Soltis, M. / Khosla, C. / Cohen, A. / Robbins, T. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Conformational Flexibility of the Acyltransferase from the Disorazole Polyketide Synthase Is Revealed by an X-ray Free-Electron Laser Using a Room-Temperature Sample Delivery Method for Serial Crystallography. Authors: Mathews, I.I. / Allison, K. / Robbins, T. / Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Brunger, A.T. / Khosla, C. / DeMirci, H. / McPhillips, S.E. / Hollenbeck, M. / Soltis, M. / Cohen, A.E. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 231.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 186.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 465.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6apgC ![]() 6apkC ![]() 6apmC ![]() 3rgiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30534.912 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: transferase domain (UNP residues 1-281) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 1.6M Ammonium Sulfate, 100 mM sodium citrate (pH 4.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.63→39.17 Å / Num. obs: 95319 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.46 % / Biso Wilson estimate: 27.963 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 18.91 / Num. measured all: 615784 / Scaling rejects: 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Native enzyme PDB code: 3RGI Resolution: 1.63→39.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.019 / SU ML: 0.051 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.24 Å2 / Biso mean: 21.835 Å2 / Biso min: 12.64 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.63→39.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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