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万見
- PDB-2hdj: Crystal structure of human type 3 3alpha-hydroxysteroid dehydroge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hdj
タイトルCrystal structure of human type 3 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase in complex with NADP(H)
要素Aldo-keto reductase family 1 member C2
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN 3ALPHAHDS3 / ALDO-KETO REDUCTASE / NADPH / AKR / AKR1C2
機能・相同性
機能・相同性情報


indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / indanol dehydrogenase activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / 3-alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase [NAD(P)+] activity ...indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / indanol dehydrogenase activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / 3-alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / carboxylic acid binding / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / epithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Aldo-keto reductase family 1 member C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique ...タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique 17alpha-reductive Activity of this Enzyme.
著者: Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R.
履歴
登録2006年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,82014
ポリマ－73,5732
非ポリマー2,24812
水9,872548
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8146
ポリマ－36,7861
非ポリマー1,0285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0068
ポリマ－36,7861
非ポリマー1,2207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子

B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子

B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,01824
ポリマ－110,3593
非ポリマー3,65921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area38450 Å2
手法PISA
4
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子

A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,62812
ポリマ－73,5732
非ポリマー2,05510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_556x-y+1/3,-y+2/3,-z+5/31
Buried area5500 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.840, 143.840, 204.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-648-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C2 / Trans-1 / 2- dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / Type III 3- alpha-hydroxysteroid ...Trans-1 / 2- dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / Type III 3- alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3-alpha-HSD3 / Chlordecone reductase homolog HAKRD / Dihydrodiol dehydrogenase/bile acid-binding protein / DD/BABP / Dihydrodiol dehydrogenase 2 / DD2


分子量: 36786.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C2, DDH2 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS
参照: UniProt: P52895, 酸化還元酵素, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, EC: 1.1.1.213
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 24% PEG-4000, 0.1M MES, 0.2M (NH4)2Ac, 0.01M EDTA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.19 Å / Num. all: 54795 / Num. obs: 54795 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 29.254 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.89
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
2-2.10.4214.338164729598.6
2.1-2.20.3245.632649605299
2.2-2.30.2537.127854505498.9
2.3-2.40.2138.524052428399
2.4-2.50.1781020340361099.2
2.5-2.60.15211.417457307299.3
2.6-2.80.11714.528176494199.4
2.8-30.08518.921319372599.5
3-3.50.05526.934563601799.8
3.5-40.03935.919685341399.8
4-50.03144.319547339099.9
5-60.03468753151899.9
60.02155.69444166599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1XJB

1xjb


解像度: 2→19.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 9579143 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2778 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 54442 99.8 %-
all-54795 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.447 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å23.75 Å20 Å2
2--2.72 Å20 Å2
3----5.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 140 548 5932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.422.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 447 4.9 %
Rwork0.268 8589 -
obs-9036 99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligands_.paramligands_.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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