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- PDB-4gac: High resolution structure of mouse aldehyde reductase (AKR1a4) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gac
タイトルHigh resolution structure of mouse aldehyde reductase (AKR1a4) in its apo-form
要素Alcohol dehydrogenase [NADP(+)]
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / aldheyde reductase akr1a4 / SMAR1
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of xylulose-5-phosphate / glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADH) activity / Glutathione conjugation / D-glucuronate catabolic process ...Formation of xylulose-5-phosphate / glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADH) activity / Glutathione conjugation / D-glucuronate catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldehyde catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / synapse / negative regulation of apoptotic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Aldo-keto reductase family 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Faucher, F. / Jia, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: High-resolution structure of AKR1a4 in the apo form and its interaction with ligands.
著者: Faucher, F. / Jia, Z.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase [NADP(+)]
B: Alcohol dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5146
ポリマ－73,0112
非ポリマー5024
水17,853991
1
A: Alcohol dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7573
ポリマ－36,5061
非ポリマー2512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alcohol dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7573
ポリマ－36,5061
非ポリマー2512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.940, 92.620, 70.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase [NADP(+)] / Aldehyde reductase / Aldo-keto reductase family 1 member A1


分子量: 36505.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Akr1a1, Akr1a4 / プラスミド: pGEXT4T3-AKR1a4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: Q9JII6, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 26% PEG-4000, 0.1 M NaCitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射モノクロメーター: Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→19.733 Å / Num. all: 85488 / Num. obs: 84168 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.96 % / Biso Wilson estimate: 18.223 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.64-1.680.1448182236163197.7
1.68-1.730.12710.28217666114199.4
1.73-1.780.10811.55213635956199.3
1.78-1.830.09313.07207595738199.3
1.83-1.890.08214.43202885582199.4
1.89-1.960.07316.13198185396198.9
1.96-2.030.06518.07191075204198.8
2.03-2.120.0619.73182504965198.5
2.12-2.210.05421.34173244744198.3
2.21-2.320.05322.47166994567198.2
2.32-2.440.04723.9157694321198.2
2.44-2.590.04524.97148944092197.2
2.59-2.770.04326.18140213840198.3
2.77-2.990.03827.69132313615198
2.99-3.280.03529.38121853300198.6
3.28-3.670.03230.94111043017197.9
3.67-4.230.02932.1297282640198.7
4.23-5.190.02632.7984312274198.4
5.19-7.330.02731.5164951751198.7
7.33-19.7330.02531.573045889188.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HE8

2he8


解像度: 1.64→19.733 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9099 / SU ML: 0.17 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1784 4209 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.1495 84166 98.58 %-
all-84166 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.493 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.76 Å2 / Biso mean: 13.2931 Å2 / Biso min: 2.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0855 Å2-0 Å21.0044 Å2
2---0.832 Å20 Å2
3----1.2535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→19.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4997 0 34 991 6022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1197282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7542020
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.64-1.65860.25821370.2032596273396
1.6586-1.67820.23721420.17772703284599
1.6782-1.69860.21211380.1652626276499
1.6986-1.72010.20131430.157627022845100
1.7201-1.74270.20551400.164626622802100
1.7427-1.76660.19361400.15542664280499
1.7666-1.79180.22261420.15492707284999
1.7918-1.81850.18731400.14692646278699
1.8185-1.84690.19721410.14522695283699
1.8469-1.87720.18551410.144126652806100
1.8772-1.90950.20051410.14232688282999
1.9095-1.94420.1781410.1472668280999
1.9442-1.98160.18211400.14862668280899
1.9816-2.0220.19211410.15192679282099
2.022-2.06590.19621390.14872651279099
2.0659-2.11390.18781400.14652658279898
2.1139-2.16670.15531390.14012625276499
2.1667-2.22520.19711410.14592678281998
2.2252-2.29060.16931380.14982640277898
2.2906-2.36440.18151420.14732690283298
2.3644-2.44880.18181380.14392623276198
2.4488-2.54660.1571390.14942631277098
2.5466-2.66230.17641400.15042665280598
2.6623-2.80230.17191400.1492663280398
2.8023-2.97730.15281400.14792656279698
2.9773-3.20630.17871400.14472674281499
3.2063-3.52730.17961410.14152673281498
3.5273-4.03390.14241420.13222689283199
4.0339-5.0680.14891400.12332673281399
5.068-19.73440.19041430.18182699284297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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