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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hdj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human type 3 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase in complex with NADP(H) | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HUMAN 3ALPHAHDS3 / ALDO-KETO REDUCTASE / NADPH / AKR / AKR1C2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase ...indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / carboxylic acid binding / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素 / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / digestion / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / epithelial cell differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique ...タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique 17alpha-reductive Activity of this Enzyme. 著者: Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hdj.cif.gz | 158.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hdj.ent.gz | 125.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hdj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hdj_validation.pdf.gz | 994.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hdj_full_validation.pdf.gz | 1010.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hdj_validation.xml.gz | 33.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hdj_validation.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hdj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36786.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C2, DDH2 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS 参照: UniProt: P52895, 酸化還元酵素, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, EC: 1.1.1.213 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 24% PEG-4000, 0.1M MES, 0.2M (NH4)2Ac, 0.01M EDTA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→19.19 Å / Num. all: 54795 / Num. obs: 54795 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 29.254 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1XJB 解像度: 2→19.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 9579143 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.447 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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