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- PDB-4k1g: Structure of E. coli Nfo(Endo IV)-H69A mutant bound to a cleaved ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1g
タイトルStructure of E. coli Nfo(Endo IV)-H69A mutant bound to a cleaved DNA duplex containing a alphadA:T basepair
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
  • Endonuclease 4
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA endonuclease IV / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / phosphoric diester hydrolase activity / phosphatase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding ...deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / phosphoric diester hydrolase activity / phosphatase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease family 2 / AP endonuclease 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel ...AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease family 2 / AP endonuclease 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Insight into mechanisms of 3'-5' exonuclease activity and removal of bulky 8,5'-cyclopurine adducts by apurinic/apyrimidinic endonucleases.
著者: Mazouzi, A. / Vigouroux, A. / Aikeshev, B. / Brooks, P.J. / Saparbaev, M.K. / Morera, S. / Ishchenko, A.A.
履歴
登録2013年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 4
B: Endonuclease 4
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
O: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,71615
ポリマ－81,1778
非ポリマー5397
水10,989610
1
A: Endonuclease 4
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8918
ポリマ－40,5884
非ポリマー3024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease 4
M: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
O: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8257
ポリマ－40,5884
非ポリマー2373
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.950, 136.660, 112.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE QUATERNARY STRUCTURE IS A PROTEIN MONOMER-DOUBLE STRANDED DNA COMPLEX. ONE OF THE DNA STRANDS IS CLEAVED BETWEEN THE BASE 306 AND THE BASE 307.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV


分子量: 31451.430 Da / 分子数: 2 / 変異: H69A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nfo, b2159, JW2146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6C1, deoxyribonuclease IV

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DNA鎖 , 3種, 6分子 EMFNHO

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 1785.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4601.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2749.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 617分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAINS E AND H, AND CHAINS M AND O ARE FORM THE SAME DNA STRAND WHICH IS CLEAVED BETWEEN THE BASE ...CHAINS E AND H, AND CHAINS M AND O ARE FORM THE SAME DNA STRAND WHICH IS CLEAVED BETWEEN THE BASE 306 AND THE BASE 307.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, Tris HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月20日
放射モノクロメーター: SiIII / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.5 Å / Num. all: 71040 / Num. obs: 71003 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 26.58 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NQJ

2nqj


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2123 3550 5 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.178 70976 99.13 %-
all-71003 --
原子変位パラメータBiso mean: 31.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8084 Å20 Å20 Å2
2---3.4576 Å20 Å2
3----3.3507 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4366 1182 19 610 6177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.128129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2248SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes728HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5827HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.98
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion779SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6808SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 232 5.01 %
Rwork0.219 4396 -
all0.2201 4628 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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