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万見
- PDB-4ipa: Structure of a thermophilic Arx1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ipa
タイトルStructure of a thermophilic Arx1
要素Putative curved DNA-binding protein
キーワードHYDROLASE / MAP / Methionine Aminopeptidase / Ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative curved DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bange, G. / Sinning, I.
引用ジャーナル: BMC Evol Biol / 年: 2013
タイトル: Consistent mutational paths predict eukaryotic thermostability.
著者: van Noort, V. / Bradatsch, B. / Arumugam, M. / Amlacher, S. / Bange, G. / Creevey, C. / Falk, S. / Mende, D.R. / Sinning, I. / Hurt, E. / Bork, P.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative curved DNA-binding protein
B: Putative curved DNA-binding protein
C: Putative curved DNA-binding protein
D: Putative curved DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,44511
ポリマ－186,7734
非ポリマー6727
水16,250902
1
A: Putative curved DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8853
ポリマ－46,6931
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative curved DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7892
ポリマ－46,6931
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative curved DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8853
ポリマ－46,6931
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative curved DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8853
ポリマ－46,6931
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.998, 193.316, 70.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Putative curved DNA-binding protein


分子量: 46693.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0023380 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S4S7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithiumacetate, 2.2M Amminiumsulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.4 Å / Num. all: 118103 / Num. obs: 118103 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 17031 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q8K

2q8k


解像度: 2.3→57.176 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 5918 5.02 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.2013 117991 99.98 %-
all-0 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.486 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4208 Å20 Å20 Å2
2---0.0825 Å2-0 Å2
3---0.5033 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→57.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11511 0 35 902 12448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07215847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.074485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.28285790.218611079X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.47760.26545530.20611098X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.59030.26375680.212311105X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.72690.26785670.211511172X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.89770.25466270.199211048X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.12150.23755850.206411174X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.43560.24415920.205211175X-RAY DIFFRACTION100
3.4356-3.93260.2185950.186711251X-RAY DIFFRACTION100
3.9326-4.95420.21796190.178111289X-RAY DIFFRACTION100
4.9542-57.19360.21726330.209211682X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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