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万見
- PDB-4jyb: MeaB, A Bacterial Homolog of MMAA, Bound to GMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyb
タイトルMeaB, A Bacterial Homolog of MMAA, Bound to GMPPNP
要素Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
キーワードHYDROLASE / Alpha and beta protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases / GTPase / Metallochaperone / Methylmalonyl-CoA Mutase (MCM)
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koutmos, M. / Lofgren, M. / Padovani, D. / Banerjee, R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A switch III motif relays signaling between a B12 enzyme and its G-protein chaperone.
著者: Lofgren, M. / Padovani, D. / Koutmos, M. / Banerjee, R.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
B: Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2394
ポリマ－71,1952
非ポリマー1,0442
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.561, 58.231, 76.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methylmalonyl-CoA mutase accessory protein


分子量: 35597.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
株: AM1 / 遺伝子: meaB, MexAM1_META1p0188 / プラスミド: pET-21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5AP93
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG550MME, 50 mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03262 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月11日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03262 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 45671 / Num. obs: 46098 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.34
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / Num. unique all: 6906 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QM7

2qm7


解像度: 2.1→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.353 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24156 2286 5 %RANDOM
Rwork0.19874 ---
all0.229 43753 --
obs0.20089 43385 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å20.81 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----3.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 64 302 5068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9876646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.782311112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13721.968188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85215820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3091558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 160 -
Rwork0.265 3017 -
obs--96.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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