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- PDB-6jnp: Structure of ExoT-SpcS Complex from Pseudomonas aeruginosa in 2.2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jnp
タイトルStructure of ExoT-SpcS Complex from Pseudomonas aeruginosa in 2.2 Angstrom
要素
  • CesT family type III secretion system chaperone
  • Exoenzyme T
キーワードTOXIN / ExoT / SpcS / T3SS / Pseudomonas / Pseudomonas aeruginosa / chaperone / Effector / Exotoxin / Effector-toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein secretion by the type III secretion system / nucleotidyltransferase activity / GTPase activator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2690 / Type III secretion chaperone SycE / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / : / Yope Regulator; Chain: A, - #10 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2690 / Type III secretion chaperone SycE / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / : / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable chaperone / CesT family type III secretion system chaperone / Exoenzyme T
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Datta, S. / Mondal, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial ResearchTREAT- BSC0113, UNSEEN-BSC0116 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ExoT-SpcS Complex from Pseudomonas aeruginosa
著者: Datta, S. / Mondal, A.
履歴
登録2019年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoenzyme T
B: CesT family type III secretion system chaperone
C: CesT family type III secretion system chaperone
D: Exoenzyme T
E: CesT family type III secretion system chaperone
F: CesT family type III secretion system chaperone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3048
ポリマ－65,1206
非ポリマー1842
水2,792155
1
A: Exoenzyme T
B: CesT family type III secretion system chaperone
C: CesT family type III secretion system chaperone
ヘテロ分子

D: Exoenzyme T
E: CesT family type III secretion system chaperone
F: CesT family type III secretion system chaperone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3048
ポリマ－65,1206
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area16140 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.000, 63.000, 83.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exoenzyme T


分子量: 6216.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yopE, NCTC13719_06179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A379I277, UniProt: Q9I788*PLUS
#2: タンパク質
CesT family type III secretion system chaperone / YopE regulator


分子量: 13171.843 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yerA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51450, UniProt: G3XD93*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 295.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH5.7-6.5 / PH範囲: 5.7-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23043 / % possible obs: 90.28 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 1072 / CC1/2: 0.957

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JMF

4jmf


解像度: 2.261→34.793 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1839 7.98 %
Rwork0.211 --
obs0.2145 23043 90.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→34.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4574 0 12 155 4741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5256350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4572878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2614-2.32250.4195880.30831072X-RAY DIFFRACTION59
2.3225-2.39080.32711260.2711458X-RAY DIFFRACTION83
2.3908-2.4680.30441400.28061525X-RAY DIFFRACTION86
2.468-2.55620.32441380.2691583X-RAY DIFFRACTION87
2.5562-2.65850.3371440.26321607X-RAY DIFFRACTION89
2.6585-2.77940.32091380.25631622X-RAY DIFFRACTION91
2.7794-2.92590.29891430.24381677X-RAY DIFFRACTION93
2.9259-3.10910.29011500.24741726X-RAY DIFFRACTION96
3.1091-3.3490.30961500.23071746X-RAY DIFFRACTION96
3.349-3.68560.25971550.19811774X-RAY DIFFRACTION98
3.6856-4.21820.19471550.17461786X-RAY DIFFRACTION99
4.2182-5.31140.18281530.1581808X-RAY DIFFRACTION99
5.3114-34.79680.18721590.17281820X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.5288 Å / Origin y: 11.2333 Å / Origin z: 18.5547 Å
111213212223313233
T0.193 Å20.0321 Å2-0.0155 Å2-0.159 Å20.0328 Å2--0.1693 Å2
L0.6332 °20.2863 °2-0.1627 °2-1.0657 °20.416 °2--0.8215 °2
S-0.0073 Å °0.0535 Å °0.0138 Å °0.0475 Å °0.0581 Å °-0.0673 Å °0.0163 Å °0.1118 Å °-0.0555 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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