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- PDB-4gt1: Crystal structure of a MeaB- and MMAA-like GTPase from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gt1
タイトルCrystal structure of a MeaB- and MMAA-like GTPase from Mycobacterium tuberculosis bound to 2'-deoxyguanosine diphosphate
要素Probable GTPase Rv1496/MT1543
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Mycobacterium / GTPase / ATPase / substrate-specificity / G-protein / Ras-like GTPase / ArgK superfamily / chain swapped homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable GTPase Rv1496 / Probable GTPase Rv1496
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of Mycobacterial MeaB and MMAA-like GTPases.
著者: Edwards, T.E. / Baugh, L. / Bullen, J. / Baydo, R.O. / Witte, P. / Thompkins, K. / Phan, I.Q. / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / ...著者: Edwards, T.E. / Baugh, L. / Bullen, J. / Baydo, R.O. / Witte, P. / Thompkins, K. / Phan, I.Q. / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Grundner, C. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32015年6月3日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GTPase Rv1496/MT1543
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3605
ポリマ－38,5971
非ポリマー7634
水2,522140
1
A: Probable GTPase Rv1496/MT1543
ヘテロ分子

A: Probable GTPase Rv1496/MT1543
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,72010
ポリマ－77,1942
非ポリマー1,5268
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area7280 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.920, 187.820, 66.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Probable GTPase Rv1496/MT1543


分子量: 38596.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT1543, MTCY277.18, Rv1496 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63577, UniProt: P9WPZ1*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-DGI / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / dGDP


タイプ: DNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: MytuD.00200.a.A1 at 22 mg/mL with 4 mM dGTP against 0.1 M NaKHPO4, 48% PEG 200, 0.2 M NaCl, crystal tracking ID 236287b6, unique puck ID aqu7-6, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 28351 / Num. obs: 28337 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 36.499 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 29.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.050.4654.66167592041100
2.05-2.110.3616.05165032017100
2.11-2.170.2957.46160131961100
2.17-2.240.2389.24156441907100
2.24-2.310.19910.9615148184799.9
2.31-2.390.15913.28147421805100
2.39-2.480.14314.7139821712100
2.48-2.580.11318.38136201665100
2.58-2.70.09421.83131071607100
2.7-2.830.07227.25125451537100
2.83-2.980.06131.7211973147299.9
2.98-3.160.04839.09112141390100
3.16-3.380.03750.04103311291100
3.38-3.650.0359.9597801228100
3.65-40.02667.0688701139100
4-4.470.0227579281039100
4.47-5.160.01978.917096909100
5.16-6.320.02272.056212784100
6.32-8.940.01683.01480762099.7
8.940.01389.32254736697.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3md0

3md0


解像度: 2→45.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.273 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 1431 5.1 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1908 28336 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.51 Å2 / Biso mean: 38.2709 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.97 Å20 Å20 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 48 140 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192279
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9853111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9945301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77123.44887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7515341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3921520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02487
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 128 -
Rwork0.221 1910 -
all-2038 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3135 Å / Origin y: 28.1008 Å / Origin z: -8.1957 Å
111213212223313233
T0.0341 Å20.0271 Å2-0.0212 Å2-0.092 Å2-0.018 Å2--0.0608 Å2
L0.3515 °20.2641 °20.4984 °2-0.6269 °20.2658 °2--0.7407 °2
S0.1077 Å °0.0847 Å °-0.0676 Å °0.083 Å °-0.0036 Å °-0.0849 Å °0.155 Å °0.1298 Å °-0.1041 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1A335 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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