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- PDB-4jfz: Structure of phosphoserine (pSAb) scaffold bound to pSer peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfz
タイトルStructure of phosphoserine (pSAb) scaffold bound to pSer peptide
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Phosphopeptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PROPANOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Nature-inspired design of motif-specific antibody scaffolds.
著者: Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
P: Phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6524
ポリマ－49,5783
非ポリマー741
水12,160675
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.504, 94.870, 120.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 23303.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24872.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#3: タンパク質・ペプチド Phosphopeptide


分子量: 1401.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 23% PEG1500, 0.1M PCB, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→120.583 Å / Num. all: 51060 / Num. obs: 51060 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.843.90.71312842872930.71399.5
1.84-1.963.90.4661.52707669670.46699.3
1.96-2.093.90.32.42532265410.399.5
2.09-2.263.90.2153.32361561280.21599.7
2.26-2.473.90.1634.62179056260.16399.6
2.47-2.773.90.1116.72007551490.11199.9
2.77-3.23.90.0788.71766345780.07899.9
3.2-3.913.70.05811.31465039070.05899.8
3.91-5.533.70.0321.51135230780.0399.8
5.53-74.563.70.02623.9670217930.02699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ELVES精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→74.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 2622 5.14 %RANDOM
Rwork0.1538 ---
obs0.156 50977 99.48 %-
all-50977 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.83 Å2 / Biso mean: 22.1458 Å2 / Biso min: 7.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→74.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 5 675 4053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3154901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1281325
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.78180.35131310.26422474260599
1.7818-1.81610.28921390.23732532267199
1.8161-1.85320.23911470.21192475262299
1.8532-1.89350.21421270.19812539266699
1.8935-1.93750.26821470.1922465261299
1.9375-1.9860.20691430.17452494263799
1.986-2.03970.22381300.16472503263399
2.0397-2.09970.22011240.15692552267699
2.0997-2.16750.20051250.150325292654100
2.1675-2.2450.19421570.144224922649100
2.245-2.33480.16841520.14472504265699
2.3348-2.44110.22981270.14932571269899
2.4411-2.56980.2161390.150325432682100
2.5698-2.73080.19771450.145925492694100
2.7308-2.94170.18741410.148625522693100
2.9417-3.23770.19451400.147225722712100
3.2377-3.70620.1891400.137326042744100
3.7062-4.66940.14391220.121726362758100
4.6694-74.62770.17591460.147427692915100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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