ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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MOSFLM | | データ削減 | | SCALA | 3.3.20データスケーリング | | PHENIX | 1.8_1069精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | ELVES | | 精密化 | | PHENIX | | 位相決定 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→74.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1993 | 2622 | 5.14 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1538 | - | - | - |
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obs | 0.156 | 50977 | 99.48 % | - |
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all | - | 50977 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 77.83 Å2 / Biso mean: 22.1458 Å2 / Biso min: 7.12 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→74.56 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3373 | 0 | 5 | 675 | 4053 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 3581 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.315 | 4901 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.084 | 567 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 629 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.128 | 1325 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.75-1.7818 | 0.3513 | 131 | 0.2642 | 2474 | 2605 | 99 | 1.7818-1.8161 | 0.2892 | 139 | 0.2373 | 2532 | 2671 | 99 | 1.8161-1.8532 | 0.2391 | 147 | 0.2119 | 2475 | 2622 | 99 | 1.8532-1.8935 | 0.2142 | 127 | 0.1981 | 2539 | 2666 | 99 | 1.8935-1.9375 | 0.2682 | 147 | 0.192 | 2465 | 2612 | 99 | 1.9375-1.986 | 0.2069 | 143 | 0.1745 | 2494 | 2637 | 99 | 1.986-2.0397 | 0.2238 | 130 | 0.1647 | 2503 | 2633 | 99 | 2.0397-2.0997 | 0.2201 | 124 | 0.1569 | 2552 | 2676 | 99 | 2.0997-2.1675 | 0.2005 | 125 | 0.1503 | 2529 | 2654 | 100 | 2.1675-2.245 | 0.1942 | 157 | 0.1442 | 2492 | 2649 | 100 | 2.245-2.3348 | 0.1684 | 152 | 0.1447 | 2504 | 2656 | 99 | 2.3348-2.4411 | 0.2298 | 127 | 0.1493 | 2571 | 2698 | 99 | 2.4411-2.5698 | 0.216 | 139 | 0.1503 | 2543 | 2682 | 100 | 2.5698-2.7308 | 0.1977 | 145 | 0.1459 | 2549 | 2694 | 100 | 2.7308-2.9417 | 0.1874 | 141 | 0.1486 | 2552 | 2693 | 100 | 2.9417-3.2377 | 0.1945 | 140 | 0.1472 | 2572 | 2712 | 100 | 3.2377-3.7062 | 0.189 | 140 | 0.1373 | 2604 | 2744 | 100 | 3.7062-4.6694 | 0.1439 | 122 | 0.1217 | 2636 | 2758 | 100 | 4.6694-74.6277 | 0.1759 | 146 | 0.1474 | 2769 | 2915 | 100 |
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