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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j8g | ||||||
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Title | Crystal structure of alpha-COP/E19 complex | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / beta propeller domain / dilysine motif / ER retrieval / vesicle trafficking | ||||||
Function / homology | ![]() COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() unidentified (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Rules for the recognition of dilysine retrieval motifs by coatomer. Authors: Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 211.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 449.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j73C ![]() 4j77C ![]() 4j78C ![]() 4j79C ![]() 4j81C ![]() 4j82C ![]() 4j84C ![]() 4j86C ![]() 4j87C ![]() 4j8bC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37525.863 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1180.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.22 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.895→50 Å / Num. all: 73818 / Num. obs: 49039 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.895→48.104 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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