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- PDB-4d8l: Crystal structure of the 2-pyrone-4,6-dicarboxylic acid hydrolase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8l
タイトルCrystal structure of the 2-pyrone-4,6-dicarboxylic acid hydrolase from sphingomonas paucimobilis
要素2-pyrone-4,6-dicarbaxylate hydrolase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-pyrone-4,6-dicarboxylate lactonase / 2-pyrone-4,6-dicarboxylate lactonase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / lignin catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-pyrone-4,6-dicarboxylate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Bonanno, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of LigI: Insight into the Amidohydrolase Enzymes of cog3618 and Lignin Degradation.
著者: Hobbs, M.E. / Malashkevich, V. / Williams, H.J. / Xu, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月25日ID: 2QAH
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Structure summary
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42013年1月23日Group: Database references
改定 1.52013年2月20日Group: Database references
改定 1.62018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.72021年2月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.82024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-pyrone-4,6-dicarbaxylate hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0311
ポリマ－34,0311
非ポリマー00
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.100, 73.170, 82.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 2-pyrone-4,6-dicarbaxylate hydrolase / 2-pyrone-4 / 6-dicarboxylic acid hydrolase


分子量: 34030.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: SYK-6 / 遺伝子: ligI, SLG_12570 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O87170, 2-pyrone-4,6-dicarboxylate lactonase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5,0.2 MG CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 1.8 % / Av σ(I) over netI: 16.69 / 数: 61399 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.61 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 35073 / % possible obs: 84.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315088.310.0342.921.7
3.424.3190.410.0433.1911.7
2.993.4291.810.0592.4481.7
2.712.9992.410.0761.8961.7
2.522.719310.0991.4271.7
2.372.5289.910.1191.0021.7
2.252.3784.710.1550.8691.8
2.152.2578.110.1840.7231.8
2.072.1571.410.2380.6371.8
22.0761.810.2730.5841.8
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35073 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.608 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.071.80.27325400.584161.8
2.07-2.151.80.23829930.637171.4
2.15-2.251.80.18432540.723178.1
2.25-2.371.80.15535520.869184.7
2.37-2.521.70.11937301.002189.9
2.52-2.711.70.09938771.427193
2.71-2.991.70.07638411.896192.4
2.99-3.421.70.05938192.448191.8
3.42-4.311.70.04337823.191190.4
4.31-501.70.03436852.92188.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.21 / WRfactor Rwork: 0.1576 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8348 / SU B: 8.297 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.2489 / SU Rfree: 0.2015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 863 5.1 %RANDOM
Rwork0.1715 ---
obs0.1743 17021 77.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.76 Å2 / Biso mean: 33.881 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 0 235 2551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9623255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7425293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33123.158114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38415368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.51522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221889
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 15 -
Rwork0.225 247 -
all-262 -
obs--17.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.7749 Å / Origin y: 39.4309 Å / Origin z: 9.6797 Å
111213212223313233
T0.0186 Å2-0.0055 Å2-0.0051 Å2-0.0271 Å20.0393 Å2--0.0753 Å2
L1.3065 °2-0.1499 °20.1178 °2-1.1617 °2-0.262 °2--0.6512 °2
S0.0153 Å °-0.1357 Å °-0.3029 Å °0.0462 Å °-0.013 Å °0.0209 Å °0.0079 Å °0.0084 Å °-0.0023 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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