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- PDB-4j5r: TARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1 bound to A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j5r
タイトルTARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1 bound to ADP-HPD
要素O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
キーワードHYDROLASE / DNA repair / Cellular signaling / macro domain / glycohydrolase / poly-ADP ribose / PARP / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / purine nucleoside metabolic process / purine nucleoside binding / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / DNA damage response ...ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / purine nucleoside metabolic process / purine nucleoside binding / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A1R / ADP-ribose glycohydrolase OARD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Appel, C.D. / Krahn, J. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Deficiency of terminal ADP-ribose protein glycohydrolase TARG1/C6orf130 in neurodegenerative disease.
著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / ...著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / Rossi, M.N. / Galehdari, H. / Krahn, J. / Wan, A. / Trembath, R.C. / Crosby, A.H. / Ahel, D. / Hay, R. / Ladurner, A.G. / Timinszky, G. / Williams, R.S. / Ahel, I.
履歴
登録2013年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,40414
ポリマ－32,7782
非ポリマー1,62512
水10,683593
1
A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1897
ポリマ－16,3891
非ポリマー7996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2157
ポリマ－16,3891
非ポリマー8266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.803, 72.004, 81.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1


分子量: 16389.080 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 11-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OARD1, C6orf130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y530, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-A1R / 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / アデノシン5′-二りん酸β-[(3β,4β-ジヒドロキシピロリジン-2α-イル)メチル]


分子量: 542.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N6O12P2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Imidazole, 20% PEG3350, 200 mM NaCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 83829 / Num. obs: 79051 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.25-1.273.80.402164.6
1.27-1.2940.397183.5
1.29-1.324.50.367191.1
1.32-1.354.80.325193.9
1.35-1.3850.335194.6
1.38-1.415.10.304195.6
1.41-1.445.20.24196.3
1.44-1.485.20.215196.2
1.48-1.535.20.181196.3
1.53-1.575.20.156196.6
1.57-1.635.20.135196.9
1.63-1.75.20.124197.1
1.7-1.775.20.107197.9
1.77-1.875.20.088197.5
1.87-1.985.20.076198.2
1.98-2.145.20.068198.2
2.14-2.355.20.069198.8
2.35-2.695.20.06198.9
2.69-3.395.20.046198.7
3.39-505.20.036194.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4J5Q

4j5q


解像度: 1.25→43.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU B: 1.158 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15283 3940 5 %RANDOM
Rwork0.1183 ---
obs0.12008 75061 94.32 %-
all-83829 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2209 0 101 593 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8882.0353698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9253.0046369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2515348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40823.818110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.38415548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.6310.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.62435529
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.15120
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.755970
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 214 -
Rwork0.232 3922 -
obs--68.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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