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Yorodumi- PDB-4nwy: Crystal structure of the b' domain of human protein disulfide iso... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nwy | ||||||
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Title | Crystal structure of the b' domain of human protein disulfide isomerase-like protein of the testis (PDILT) | ||||||
Components | Protein disulfide-isomerase-like protein of the testis | ||||||
Keywords | ISOMERASE / thioredoxin-like fold / substrate-binding domain / endoplasmic reticulum | ||||||
Function / homology | Function and homology information germ cell migration / protein disulfide isomerase activity / spermatid development / protein folding / endoplasmic reticulum Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Bastos-Aristizabal, S. / Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2014 Title: Structure of the substrate-binding b' domain of the Protein disulfide isomerase-like protein of the testis. Authors: Bastos-Aristizabal, S. / Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nwy.cif.gz | 217.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nwy.ent.gz | 177.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nwy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3bj5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15545.648 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: b' domain (UNP residues 258-386) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDILT / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8N807, protein disulfide-isomerase #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.2 M sodium formate, 0.1 M Bicine pH 9.0, 18% PEG3350, 0.1 M cobaltous chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.977 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 30405 / Num. obs: 30080 / % possible obs: 98.93 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 24.7 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2079 / % possible all: 92.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3bj5 Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.96 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.185 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.697 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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