[日本語] English
万見
- PDB-4izi: Crystal Structure of the Alpha1 dimer of Thermus thermophilus Tra... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izi
タイトルCrystal Structure of the Alpha1 dimer of Thermus thermophilus Transhydrogenase in P4(3)
要素NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alpha1 subunit / NAD binding / Domain III of Beta subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
proton-translocating NAD(P)(+) transhydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stout, C.D. / Yamaguchi, M. / Leung, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure analysis of Thermus thermophilus transhydrogenase soluble domains
著者: Leung, J. / Yamaguchi, M. / Schurig Briccio, L.A. / B Gennis, R. / Stout, C.D.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
B: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3479
ポリマ－81,7032
非ポリマー6457
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.794, 85.794, 146.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細Dimer of alpha1 subunit

-
要素

#1: タンパク質 NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1


分子量: 40851.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) AcrAB- / 参照: UniProt: Q72GR8, EC: 1.6.1.2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: JCSG plus kit, condition A10: 0.2 M potassium formate, 20% w/v PEG3350, pH N.A., VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
PH範囲: N.A.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, Si(111); asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.37 Å / Num. all: 39298 / Num. obs: 39243 / % possible obs: 99.86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 57.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 6432 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L7D

1l7d


解像度: 2.4→38.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.213 / SU ML: 0.138 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25712 2084 5 %RANDOM
Rwork0.20235 ---
all0.20507 39243 --
obs0.20507 39243 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5484 0 42 187 5713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.969849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3467.51460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80223.208212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.38315974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6261550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0227226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.53640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47825842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45331985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2074.51777
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 139 -
Rwork0.306 2917 -
obs-2917 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2688-0.0701-0.13470.23410.1220.6542-0.0824-0.1914-0.15690.04220.0773-0.0233-0.01620.16860.00510.04290.03290.03910.11240.02910.068312.4344-28.364613.9171
21.14970.0595-0.14320.3095-0.16270.7639-0.09050.1813-0.1484-0.0560.09530.03230.0188-0.1776-0.00480.0437-0.03910.03730.1051-0.02140.0635-12.6932-28.4222-13.9904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 372

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る