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万見
- PDB-3rce: Bacterial oligosaccharyltransferase PglB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rce
タイトルBacterial oligosaccharyltransferase PglB
要素
  • Oligosaccharide transferase to N-glycosylate proteins
  • Substrate Mimic Peptide
キーワードTransferase/Peptide / Oligosaccharyltransferase / Membrane protein / helical bundle / glycosylation / acceptor peptide / Plasma membrane / Transferase-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STT3 subunit PglB, C-terminal beta-barrel domain / STT3/PglB C-terminal beta-barrel domain / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter lari (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lizak, C. / Gerber, S. / Numao, S. / Aebi, M. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: X-ray structure of a bacterial oligosaccharyltransferase.
著者: Lizak, C. / Gerber, S. / Numao, S. / Aebi, M. / Locher, K.P.
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32013年5月22日Group: Refinement description
改定 1.42017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharide transferase to N-glycosylate proteins
B: Substrate Mimic Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3144
ポリマ－85,2662
非ポリマー492
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.060, 116.100, 175.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS PER THE AUTHORS CHAIN A FUNCTIONS AS A MONOMER IN THE BIOLOGICAL ASSEMBLY

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要素

#1: タンパク質 Oligosaccharide transferase to N-glycosylate proteins


分子量: 84411.922 Da / 分子数: 1 / 変異: K2E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter lari (カンピロバクター)
遺伝子: pglB, Cla_1253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9KDD4
#2: タンパク質・ペプチド Substrate Mimic Peptide


分子量: 853.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Corresponds to glycosylation sequon
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細FROM A DISTINCT STRAIN OF CAMPYLOBACTER LARI

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.4
詳細: 0.1M glycine, 50mM magnesium acetate, 6% Dimethyl sulfoxide (DMSO), 23-34% PEG400, pH 9.4, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 24531 / Num. obs: 24350 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.4→29.978 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2000 8.39 %RANDOM
Rwork0.2379 ---
obs0.2408 23834 --
all-24531 --
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.192 Å2 / ksol: 0.255 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1787 Å20 Å20 Å2
2--0.4177 Å2-0 Å2
3---1.0199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 2 1 5668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4757870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7242076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093877
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.52170.40231520.34041657X-RAY DIFFRACTION75
3.5217-3.66250.38862000.29182194X-RAY DIFFRACTION100
3.6625-3.82880.35622040.28172213X-RAY DIFFRACTION100
3.8288-4.03020.3192030.26232214X-RAY DIFFRACTION100
4.0302-4.28210.27132020.22842218X-RAY DIFFRACTION100
4.2821-4.61160.2352040.18992226X-RAY DIFFRACTION100
4.6116-5.07370.21892040.17012224X-RAY DIFFRACTION100
5.0737-5.80320.26912070.21812256X-RAY DIFFRACTION100
5.8032-7.2940.27862080.23172283X-RAY DIFFRACTION100
7.294-29.97960.24892160.26092349X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2097-1.2328-0.69597.36644.12682.34290.27010.298-0.1383-0.2644-0.8254-0.3471-0.6277-1.87740.48641.34-0.20170.33331.0363-0.03080.93793.9129-28.00113.8436
21.82540.45480.10741.7258-0.19261.7942-0.10130.2601-0.30330.56810.24650.14460.11460.4463-0.09890.5538-0.12180.06640.3983-0.14940.502316.6834-22.741331.4293
31.5991-1.8219-0.27051.40691.35631.02460.48330.06020.6230.4917-0.40490.6383-0.5136-0.0571-0.03851.0457-0.05270.24310.4277-0.11620.84650.6874-3.190443.013
46.4087-4.17491.31966.41211.58551.55750.5651.4954-2.6739-0.6393-0.87691.74480.06390.31220.31330.4591-0.13560.00571.31750.03370.8463-4.8455-23.392811.2756
52.4237-0.7028-0.41322.01910.86120.9227-0.00450.0953-0.32920.9510.19710.21010.575-0.2515-0.01680.8364-0.04710.17160.382-0.10730.56252.8488-34.525739.9059
61.57361.3471.82931.99041.19612.0866-0.43240.5797-0.17920.06930.35370.3635-0.20420.4599-0.00560.39030.00230.01750.4047-0.10690.436712.2707-17.60772.8118
73.12731.15821.45655.67470.40073.11190.18780.8280.4636-0.7464-0.47250.906-0.59571.06240.32980.5137-0.1017-0.15170.68380.16780.51510.9084-8.0315-8.3391
80.9421-0.10870.34760.5058-0.69193.1476-0.57521.6189-0.1909-0.43010.41830.01660.5336-0.87290.15010.603-0.1131-0.09651.1573-0.35710.53870.6964-27.0989-1.1928
91.9572-0.58261.37035.80562.92.95990.73090.6374-0.42210.3329-0.5569-0.15910.51820.08380.03570.5541-0.0003-0.02980.6563-0.06580.8772-0.5683-50.5654-4.7282
103.0010.2462-0.22820.1857-0.75561.94040.62311.4756-0.53160.2916-0.18590.3452-0.21280.3505-0.21990.4405-0.10150.16480.9734-0.50960.61429.9912-33.409-11.0063
110000000000000000.237-0.8109-0.73960.65140.20411.06077.238-20.90220.363
120000000000000000.3749-0.1716-0.08630.53370.0321.104218.551-8.7287.448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resseq 10:17)B - A10 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 2:176)A2 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 177:282)A177 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 307:324)A307 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 325:439)A325 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resseq 440:500)A440 - 500
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resseq 501:560)A501 - 560
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resseq 561:599)A561 - 599
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resseq 600:634)A600 - 634
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resseq 635:711)A635 - 711
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 725)A725
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resseq 726)A726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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