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Yorodumi- PDB-6qyy: The crystal structure of head fiber gp8.5 N base in bacteriophage... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6qyy | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of head fiber gp8.5 N base in bacteriophage phi29 | ||||||||||||
Components | Capsid fiber protein | ||||||||||||
Keywords | VIRUS / bacteriophage / phi29 / prohead | ||||||||||||
| Function / homology | viral capsid, fiber / Bacteriophage B103, Gp8, head fibre / Head fiber protein / viral procapsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / identical protein binding / Capsid fiber protein Function and homology information | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Bacillus phage phi29 (virus) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||||||||
Authors | Xu, J. / Wang, D. / Gui, M. / Xiang, Y. | ||||||||||||
| Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019Title: Structural assembly of the tailed bacteriophage ϕ29. Authors: Jingwei Xu / Dianhong Wang / Miao Gui / Ye Xiang / ![]() Abstract: The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile ...The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile tail. Here, we report the near-atomic structures of the ϕ29 pre-genome packaging head (prohead), the mature virion and the genome-emptied virion. Structural comparisons suggest local rotation or oscillation of the head-tail connector upon DNA packaging and release. Termination of the DNA packaging occurs through pressure-dependent correlative positional and conformational changes in the connector. The funnel-shaped tail lower collar attaches the expanded narrow end of the connector and has a 180-Å long, 24-strand β barrel narrow stem tube that undergoes conformational changes upon genome release. The appendages form an interlocked assembly attaching the tail around the collar. The membrane active long loops at the distal end of the tail knob exit during the late stage of infection and form the cone-shaped tip of a largely hydrophobic helix barrel, prepared for membrane penetration. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6qyy.cif.gz | 298.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6qyy.ent.gz | 246.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6qyy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6qyy_validation.pdf.gz | 476.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6qyy_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | Display | |
| Data in XML | 6qyy_validation.xml.gz | 33.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6qyy_validation.cif.gz | 48.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qyy | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4655C ![]() 4662C ![]() 4677C ![]() 4678C ![]() 4679C ![]() 4680C ![]() 4681C ![]() 4682C ![]() 4683C ![]() 4684C ![]() 4685C ![]() 6qvkC ![]() 6qx7C ![]() 6qydC ![]() 6qyjC ![]() 6qymC ![]() 6qyzC ![]() 6qz0C ![]() 6qz9C ![]() 6qzfC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 12861.392 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Bacillus phage phi29 (virus) / Gene: 8.5 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.39 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES (pH 6.0), 0.15 Ammonium sulfate, 4% (v/v) DMSO |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 63 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9798 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→41.79 Å / Num. obs: 76833 / % possible obs: 99.31 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 13.5 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.864 Å |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→41.79 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.79
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→41.79 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bacillus phage phi29 (virus)
X-RAY DIFFRACTION
China, 3items
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