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- PDB-4g3u: Mycobacterium smegmatis DprE1 - monoclinic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3u
タイトルMycobacterium smegmatis DprE1 - monoclinic crystal form
要素oxidoreductase DprE1
キーワードOXIDOREDUCTASE / vao superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.689 Å
データ登録者Li, H. / Jogl, G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of decaprenylphosphoryl-beta- D-ribose 2'-epimerase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Li, H. / Jogl, G.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidoreductase DprE1
B: oxidoreductase DprE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8822
ポリマ－88,8822
非ポリマー00
水5,170287
1
A: oxidoreductase DprE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4411
ポリマ－44,4411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: oxidoreductase DprE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4411
ポリマ－44,4411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.152, 65.808, 108.504
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )
21chain B and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGPHEPHEchain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )AA86 - 27421 - 209
12GLYGLYHISHISchain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )AA308 - 322243 - 257
13GLYGLYLEULEUchain 'A' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )AA338 - 468273 - 403
21ARGARGPHEPHEchain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )BB86 - 27421 - 209
22GLYGLYHISHISchain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )BB308 - 322243 - 257
23GLYGLYLEULEUchain 'B' and (resseq 86:274 or resseq 308:322 or resseq 338:468 )BB338 - 468273 - 403

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要素

#1: タンパク質 oxidoreductase DprE1


分子量: 44441.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-468 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC607 / 遺伝子: MSMEG_6382 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: A0R607, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% butanol, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, 0.5% N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide, pH 7.5, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.689→102.589 Å / Num. all: 39473 / Num. obs: 36583 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.689-2.850.6252.34180625862192.6
2.85-3.050.4023.42177585627195.2
3.05-3.290.2455.44167805283194.6
3.29-3.60.1717.06151494760194
3.6-4.020.10810.9136594302192.7
4.02-4.640.06219.74121143771192
4.64-5.670.05521.3102693153190.6
5.67-7.960.05122.6479522436189
7.96-102.5890.02241.3644151389185.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1000精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.689→34.196 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 1838 5.03 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.2218 36552 92.79 %-
all-36552 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.978 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 181.62 Å2 / Biso mean: 46.7215 Å2 / Biso min: 5.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6729 Å20 Å27.2874 Å2
2---6.1284 Å20 Å2
3---7.6137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.689→34.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5370 0 0 287 5657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7157468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2471978
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2610X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
12B2610X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.689-2.76180.3661360.32082587272389
2.7618-2.8430.37291310.28192719285096
2.843-2.93470.30841330.26862703283695
2.9347-3.03950.28741630.25862715287895
3.0395-3.16120.29081420.2442728287095
3.1612-3.30490.30121390.22972705284495
3.3049-3.4790.29781560.23552681283794
3.479-3.69670.30771310.26692685281693
3.6967-3.98180.24981420.21392656279893
3.9818-4.38170.1931270.17022686281392
4.3817-5.01410.1581490.15922636278592
5.0141-6.31070.22311290.19622615274490
6.3107-34.19920.22971600.20412598275888
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00490.00210.00280.00670.00710.0048-0.01420.04210.0089-0.0033-0.00850.0111-0.033-0.0103-0.00510.1245-0.0457-0.03960.1308-0.08950.0764-13.9657-7.4717-5.4227
20.00320.00110.0020.0024-0.0009-0.001-0.0020.0157-0.0079-0.0185-0.01070.0206-0.009-0.0184-0-0.0424-0.01-0.09480.1408-0.03130.2056-26.6859-3.3772-2.6647
30.0174-0.0119-0.0150.0162-0.00620.03560.02890.00710.0201-0.0158-0.00220.1227-0.08140.10510.0259-0.39060.1083-0.06050.09130.01180.3581-35.1237-1.9111-0.7804
40.00330.00040.00120.0003-0.00240.00130.0410.00750.0126-0.04470.02830.001-0.01690.0035-00.158-0.0015-0.0560.18650.00750.3899-42.991514.6432-9.3889
50.0013-0.0032-0.0020.010.00490.0032-0.0324-0.00690.0201-0.0014-0.04710.0485-0.04040.0464-0.01430.0838-0.0083-0.04820.17640.06130.2293-23.708718.4019-3.6258
60.00340.0030.00350.0165-0.00190.00270.0171-0.0215-0.01620.01270.0125-0.0256-0.01990.02770.00670.16090.0194-0.010.1578-0.01780.05240.0028-11.889316.6156
70.00220.0053-0.00490.0126-0.00880.00740.0229-0.02870.00750.02830.032-0.01560.0028-0.01530.00430.4334-0.00610.04550.2387-0.02030.0566-6.6713-16.230727.7042
80.088-0.0127-0.00670.01450.03490.03120.0103-0.03870.03340.4004-0.0017-0.0127-0.1203-0.0305-0.02580.2944-0.00730.26670.10660.0364-0.5011-11.1493-17.885835.0608
90.0003-0.0015-0.00120.00040.00050.0056-0.0309-0.0088-0.04170.0203-0.0228-0.03900.000400.59670.02260.13710.33380.03560.3111-5.9086-35.016544.5014
100.0054-0.0013-0.00520.00240.00070.00880.0068-0.0016-0.01240.0569-0.02140.01660.0285-0.0159-0.00460.2830.0530.02950.14280.02820.0273-5.4459-37.920624.2371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ( resid 75 through 115 )A75 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ( resid 116 through 148 )A116 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ( resid 149 through 389 )A149 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ( resid 390 through 417 )A390 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ( resid 418 through 468 )A418 - 468
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ( resid 75 through 115 )B75 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and ( resid 116 through 148 )B116 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ( resid 149 through 389 )B149 - 389
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and ( resid 390 through 417 )B390 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ( resid 418 through 468 )B418 - 468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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